هو السيد أحمد أبو العباس بن علي بن يحيى بن ثابت بن الحازم علي أبي الفوارس بن أحمد المرتضى بن علي بن الحسن الأصغر المعروف برفاعة بن مهدي المكي أبو رفاعة بن أبي القاسم محمد بن الحسن القاسم المُكنى بأبي موسى بن الحسين عبد الرحمن لقبه الرضي المحدث بن أحمد الصالح الأكبر بن موسى الثاني بن إبراهيم المُرتضى بن موسى الكاظم بن جعفر الصادق بن محمد الباقر بن زين العابدين علي الأصغر بن الحسين بن علي بن أبي طالب. ولد الإمام أحمد الرفاعي سنة 512 ه في العراق في قرية حسن بالبطائح (والبطائح عدة قرى مجتمعة في وسط الماء بين واسط والبصرة) وفي السابعة من عمره توفي أبوه في بغداد فكفله خاله الشيخ الزاهد منصور البطائحي (دفين بلدروز-العراق) وهو الذي رباه تربية دينية. نشأ الإمام أحمد الرفاعي منذ طفولته نشأة علمية وأخذ في الانكباب على العلوم الشرعية، فقد درس القرآن العظيم وترتيله على الشيخ عبد السميع الحربوني في قريته وله من العمر سبع سنين، وانتقل مع خاله ووالدته وأخوته إلى بلدة "نهر دفلي" من قرى واسط في العراق وأدخله خاله على الإمام الفقيه الشيخ أبي الفضل علي الواسطي وكان مقرئا ومحدثا وواعظا عالي الشأن. فتولى هذا الإمام أمره وقام بتربيته وتأديبه وتعليمه، فجدَّ السيد أحمد الرفاعي في الدرس والتحصيل للعلوم الشرعية حتى برع في العلوم النقلية والعقلية، وأحرز قصب السبق على أقرانه. وكان الإمام أحمد الرفاعي يلازم دروس العلم ومجالس العلماء، فقد كان يلازم درس خاله الشيخ أبي بكر سلطان علماء زمانه كما كان يتردد على حلقة خاله الشيخ منصور البطائحي، وتلقى بعض العلوم على الشيخ عبد الملك الحربوني وحفظ عنه كتاب "التنبيه" في الفقه الشافعي للإمام أبي إسحق الشيرازي وقام بشرحه شرحا عظيما، وأمضى أوقاته في تحصيل العلوم الشرعية على أنواعها، وشمَّر للطاعة وجَدَّ في العبادة حتى صار عالما وفقيها شافعيا وعالما ربانيا رجع مشايخه إليه وتأدب مؤدبوه بين يديه. وكان الشيخ الجليل أبو الفضل علي محدث واسط وشيخها قد أجاز الإمام أحمد الرفاعي وهو في العشرين من عمره إجازة عامة بكل علوم الشريعة والطريقة وأعظم شأنه ولقبه ب أبي العلمين، أي الظاهر والباطن. وفي الثامن والعشرين من عمر الإمام أحمد الرفاعي الكبير عهد إليه خاله منصور بمشيخة المشايخ ومشيخة الأروقة المنسوبة إليه وأمره بالإقامة في أم عبيدة برواق جده لأمه الشيخ يحيى النجاري والد الشيخ منصور الذي تولى كفالته العلمية وتعليمه منذ طفولته ، وهناك دراسات أكاديمية تؤكد أنه التقى بالشيخ عبد القادر الجيلاني وأخذ منه وكانا على اتصال وتنسيق عال. السيد أحمد الرفاعي كان شافعي المذهب أشعري العقيدة وصل إلى درجة الاجتهاد المُطلق كان فقيهاً محدّثاً مُفسّرا وكان أعلم أهل زمانه , وكان رضي الله عنه يُضرب به المثل في التواضع والانكسار ولين الجانب ورحمة الناس وشفقته عليهم وقد وصفه الامام الرافعي (محرر المذهب الشافعي) فقال : كان متمكناً في الدين سهلاً على المسلمين صعباً على الضالين هيّناً ليّناً بشّاً ليّن العريكة (أي سلسلاً) , وكان حسن الخلقِ كريم الخُلُق حلو المكالمة لطيف المعاشرة لا يملّه جليسه ولا ينصرف عن مجالسه الا لعبادة , حمولاً للأذى (بعض الناس في عصره كانوا يحسدونه ويكيدون له ومنهم من كان يفتري عليه) , وفيّاً إذا عاهد صبوراً على المكاره متواضعاً. كان السيد الرفاعي لما يقعد مع الناس يقول لهم : أي سادة لست بشيخ عليكم لست مقدّماً على هذا الجمع , كان يذهب إلى المرضى المصابين بالجذام, يبحث عنهم فيقعد معهم يُطعمهم ويأكل معهم ويتعهدهم بالدواء والطعام ثم يأخذ ثيابهم فيغسلها لهم من قوة يقينه ..
