استنكرت الجمعية الوطنية للتغيير عن استنكارها وإدانتها القوية للاستهداف المنظم لنشطاء الثورة وتعرضهم للاختطاف والضرب والتعذيب حتى الموت أحياناً كما حدث مع الشهيد محمد الجندي وآخرين ، وكذلك الناشط أحمد حبيب عضو الجمعية الذي اختطفته عناصر مجهولة الهوية بمحافظة الشرقية واحتجزته لمدة ثلاثة أيام تعرض خلالها لصنوف وحشية من الضرب والتعذيب قبل إلقائه في الطريق وهو بين الحياة والموت. وحمل الجمعية مسئولية هذه الحملة المنظمة ضد شباب الثورة لكل المسئولين في الدولة وعلى رأسهم رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء ووزير الداخلية، وتطالب بمحاكمتهم بتهمة ارتكاب جرائم ضد الإنسانية. وأكدت، عبر صفتحها الرسمية على فيس بوك، إدانتها البالغة لحملات التحرش والاغتصاب الجماعى المنظمة التي تستهدف النساء وخاصة الناشطات والمتظاهرات بُغية كسر إرادة المرأة المصرية وترويعها ومنعها من التظاهر والاحتجاج رغم الدور البطولى المشهود الذى لعبته فى ثورة 25 يناير، مشيرة إلى أن المصريات لم يتعرضن لهذا العدوان الهمجى الفاجر طوال التاريخ المنظور. وأضافت أن هذه الظواهر الإجرامية والتى تشير العديد من التقارير إلى تورط بعض أجهزة الدولة وميليشيات الجماعات الدينية المتطرفة فيها، تتم فى إطار أزمة سياسية شاملة أثبتت فشل نظام الحكم الإخوانى فى إدارة البلاد. وطالبت الجمعية كافة الأحزاب والتيارات السياسية الديمقراطية والمدنية بسحب ممثليها فى مجلس الشورى حتى لا تشارك في جريمة إضفاء الشرعية على كيان باطل، وأكدت أن الخروج من الأزمة الحالية التي تمر بها البلاد لن يتحقق إلا بالعمل الجاد لإنجاز أهداف الثورة وتلبية مطالب القوى الثورية بالقصاص من قتلة الشهداء وإقالة النائب العام غير الشرعى .