حذرت الدكتورة هبة رؤوف عزت، أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة، مؤسسة الرئاسة من جهاز المخابرات المصرية. وقالت عزت فى تدوينة لها على موقع تويتر: عمر سليمان أعاد تشكيل جهاز المخابرات على أولويات وتحالفات مبارك مع الصهاينة والأمريكان وهو الصندوق الاسود الذي تركه، لذا على الرئاسة الحذر. وأضافت عزت أنها ما زالت ترى أن على الرئاسة أن تحدد بوصلتها الحاكمة وقِبلتها اللازمة وملامح الأمن القومي لمصر. يشار إلى أن جماعة الاخوان المسلمين تسعى إلى تغيير اسم مدير جهاز المخابرات العامة المصرية، اللواء مراد موافى خلال الفترة القادمة، لكن الرئيس محمد مرسى المنتمى للجماعة تحاشى هذه الخطوة خوفاً من الصراع مع المجلس العسكرى.