اتهم مراقبو «التحالف المستقل لمراقبة الانتخابات» اللجنة العليا للانتخابات بسوء الأداء في المرحلة الثالثة للانتخابات، كما حدث في المرحلتين السابقين، وأشار تقرير التحالف إلي استمرار السلبيات، مثل عدم فتح اللجان الانتخابية في مواعيدها الرسمية في 80٪ من اللجان الانتخابية، وعدم وجود الحبر الفسفوري في 30٪ من اللجان علي مستوي محافظات المرحلة. كما رصد 750 مراقباً موزعين علي محافظات المرحلة الثالثة عدم وجود صناديق زجاجية داخل 20٪ من اللجان، بالاضافة إلي عدم وجود أوراق الاقتراع في بعض اللجان الانتخابية، ووجود حالة من الارتباك بعد توزيع أوراق الاقتراع، خاصة في لجان أخري داخلها، وذلك بنسبة 20٪. وأوضح التقرير أن 50٪ من مراقبي الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية لم يتمكنوا من دخول اللجان بسبب معارضة رؤساء اللجان، بالرغم من حصولهم علي تصاريح من العليا للانتخابات. وأكد التقرير أن المرحلة الثالثة شهدت انتشار التوكيلات المزورة من جانب المرشحين بنسبة 40٪، واستمر قيام بعض القضاة رؤساء اللجان الانتخابية في توجيه الناخبين والتأثير عليهم لانتخاب حزب بعينه، ولم تختف ظاهرة الرشاوي الانتخابية، حيث وصل الصوت الانتخابي الواحد إلي 250 جنيهاً في بعض المحافظات مثل جنوبسيناء والدقهلية، ولم تنتبه «العليا للانتخابات» لكل هذه المساوئ، ولم تعمل علي تداركها بوضع عقوبات علي مرتكبيها وتطبيقها. ورصد المراقبون الاحزاب والتيارات السياسية التي خرقت القوانين الخاصة بالدعاية الانتخابية، حيث استخدموا الدعاية في غير الأوقات المسموح بها في مخالفة صريحة للقانون. وأشاروا إلي أن أكثر من يقوم بهذه الممارسات ينتمون إلي الاحزاب الدينية، خاصة السلفيين، ولم تكتف الاحزاب الاسلامية بذلك بل استمرت في استخدام الشعارات الدينية للتأثير علي الناخبين. وأكد التقرير أنه بالرغم من التوصيات الكثيرة التي قدمتها منظمات المجتمع المدني المصرية والدولية لتحسين أداء اللجنة العليا للانتخابات، إلا أنها مازالت تستخدم نفس الأسلوب في ادارة العملية الانتخابية، فلم تتخذ خطوات في تطبيق أية عقوبات علي المخالفين. واتهم التقرير للانتخابات بأنها لجنة غير مستقلة، لأنها لا تختص باتخاذ القرارات وحدها أو حتي الاشراف علي العملية الانتخابية بكاملها، ويشاركها عدد من الجهات مثل وزارة الداخلية التي تنقح جداول الناخبين، علي الرغم من أن تلك المهمة يجب أن توكل للجنة العليا. وأكد التقرير أن من أهم أسباب عدم استقلالية اللجنة انفراد المجلس العسكري باتخاذ القرارات وعدم مشاركة اللجنة في اتخاذها مثل انفراده بتحديد مواعيد فتح باب الترشيح للانتخابات البرلمانية وإعلانه موعد انتخابات مجلس الشوري وتعديله لمراحل الانتخابات لتكون علي مرحلتين بدلاً من ثلاث. ومن أبرز الايجابيات التي رصدها التقرير مشاركة المواطنين في عملية التصويت، وأوصي التقرير بإلغاء التشريعات المنظمة للانتخابات العامة في مصر وسن تشريع موحد يمكن المواطنين من الاقتراع والترشح بسهولة ويسر ويحقق نظاماً انتخابياً يطمن تمثيل كافة فئات وطوائف المجتمع داخل المجالس التشريعية المنتخبة، ويكون مهمته كف يد السلطة التنفيذية الممثلة في وزارة الداخلية من التدخل في ادارة العملية الانتخابية. وطالب التقرير بانشاء لجنة دائمة ومستقلة ومحايدة ومتفرغة ومتنوعة الخبرات تمثل جميع الهيئات القضائية، وتضم خبرات قانونية وسياسية واحصائية وتكنولوجية، مثل اقتراح التشريعات واللوائح المنظمة للعملية الانتخابية، وإعداد قوائم الناخبين وإعلان نتائج الانتخابات، واصدار قرارات واضحة وملزمة خاصة بالدعاية الانتخابية من قبل العليا للانتخابات، ووضع آلية واضحة لكيفية توقيع العقوبات علي المخالفين لقرارات اللجنة العليا المتعلقة بسير العملية الانتخابية مثل أعمال الدعاية وتلقي الرشاوي.