بعد ظهور نتيجة الدور الثانى لامتحانات الشهادة الثانوية الأزهرية، وقبل أن تبدأ المرحلة الثانية للتنسيق، يسعى الطلاب لاختيار الكليات المناسبة لهم فى فروع جامعة الأزهر بمختلف الأقاليم أو الجامعات الخاصة، خصوصًا وأن معظم الجامعات الحكومية وعلى رأسها جامعة القاهرة ترفض أوراق الطلاب الحاصلين على الثانوية الأزهرية. نقدم خلال هذا التقرير الكليات المتاحة لطلاب الثانوية الأزهرية فى الجامعات الحكومية.. كلية دار العلوم جامعة الفيوم يشترط أن يكون الطالب حاصل على 70% من المجموع الكلى للمواد العلمية والعربية؛ لأنهم ضمن تدريس مناهج الثانوية العامة، وتعمل الكلية بالنظام الإقليمى لأبناء المحافظة وبعض المحافظات المجاورة لها، وتفتح أبوابها لطلاب الشعبتين الأدبى والعلمى. كلية دار العلوم والآداب شعبة اللغة العربية بجامعة المنيا تقبل كليتا العلوم والأدب شعبة اللغة العربية طلاب الثانوية الأزهرية من القسمين العلمى والأدبى بحد أدني 70% من المجموع الكلى، وفي حدود المتاح من الأماكن التي حددها المجلس الأعلى للجامعات. كلية الآداب شعبة اللغة العربية بسوهاج تقبل كلية الآدب طلاب الثانوية الأزهرية من القسمين العلمى والأدبى بحد أدني 70% من المجموع الكلى، فى قسم اللغة العربية فقط بالكلية، ولا يحق لهم التحويل لأى شعبة داخل الكلية، ويشترط أن يكونوا من أبناء المحافظة وفي حدود المتاح من الأماكن التي حددها المجلس الأعلي للجامعات. كلية الزراعة جامعة مطروح أكدت وزارة التعليم العالى قبول الناجحين بالقسم العلمي من طلاب الثانوية الأزهرية بكلية الزراعة بمطروح، بشرط أن يكونوا من أبناء المحافظة ومقيمين بها إقامة دائمة. وأشارت الوزارة فى بيانًا رسميًا لها، إنه على الطالب تقديم بيان نجاح أو صورة استمارة الثانوية الأزهرية، وصورة إيصال التقدم لمكتب تنسيق جامعة الأزهر وشهادة الميلاد الأصيلة، أو مستخرج رسمي منها وعدد 6 صور شخصية، ونموذج 2 جند للطلاب الذكور، وطلب الالتحاق وسيكون صرف واستلام الأوراق مقصورا علي المكتب الرئيسي بالقاهرة. كلية رياض الأطفال بنات تقبل وزارة التعليم العالى الطالبات الحاصلات على شهادة الثانوية الأزهرية بالقسمين العلمي والأدبى بجميع كليات رياض الأطفال فى الأقاليم المختلفة، بشرط أن لا يقل مجموعهم عن 75% من المجموع الكلى مضافًا إليهم جميع المواد العربية والشرعية والثقافية دون تفريق. التربية الرياضية بنين بمرسى مطروح تقبل كلية التربية الرياضية جامعة مطروح طلاب الثانوية الأزهرية من القسمين العلمى والأدبى، بشرط أن يكونوا من أبناء المحافظة ومقيمين بها إقامة دائمة وحاصلين على 70% من المجموع الكلى دون النظر إلى مواد مخصصة تتشابه مع مناهج الثانوية العامة. المعاهد الحكومية قررت المعاهد الحكومية قبول الطلاب الحاصلين على شهادة الثانوية الأزهرية بالقسمين العلمي والأدبي بالمعاهد التابعة للوزارة بحد أدني 50% ، ذلك بعد استبعاد درجات المواد الدينية فقط.