وصف الدكتور مصطفى الفقي أداء الرئيس الرئيس محمد مرسي ب"الطيب"، مثنيا على براعته في إنهاء الازدواجية بينه وبين العسكر واستبعاد المشير حسين طنطاوي والفريق سامي عنان، في خطوة اعتبرها أبرع مما فعله محمد على مع المماليك. وحول الأداء السياسي لجماعة الإخوان المسلمين، قال الفقي :"إن الإخوان لديهم قدرات لا تكافئ قيادات دولة فالقضية أكبر وأعمق"، مطالباً مرسي بالخروج من عباءة الإخوان والسلفيين فمن انتخبه 12 مليون أكثرهم ليسوا كلهم الإخوان، مشيرا في ذات الوقت إلى إن مصر يحكمها رئيس منتخب فى انتخابات نزيهة حرة ينتمى لجماعة لها تاريخ بواقع 84 سنة فى الحياة السياسية. وحول كثرة الزيارات الخارجية للرئيس مرسي، أوضح الفقى، أن الأهم هو إعادة ترتيب البيت من الداخل وفتح أفاق داخلية للحوار، مطالباً الرئيس بزيارة الكنيسة القبطية ومخاطبة المسيحيين من خلالها، وطمأنتهم.