بعد فضيحة التمثيل غير المشرف لمصر في لقاء عبد الفتاح السيسي مع ملك السعودية وصعوده له في الطائرة ، ثم جلوسه علي يمين الملك وليس بجواره علي المقاعد المخصصة للقادة ، وتقبيل رأس الملك بالمخالفة للأعراف الدولية ، تعاملت القمة الأفريقية في غينيا الاستوائية مع السيسى بطريقة أخري مهينة . حيث تم وضع السيسي مع الوفد المصري فى الصفوف الأخيرة ممثلا لمصر مع الموظفين الدبلوماسيين بمنتهى المهانة أثناء انعقاد القمة ، بينما كان الرئيس محمد مرسى يجلس فى مكانه الطبيعى فى الصف الأول مع قادة أفريقيا . كما جاء ترتيبه في إلقاء الكلمات بعد الرئيس الفلسطيني عباس ورئيس الوزراء الإثيوبى هايلى ماريام دسالين ورئيسة مفوضية الاتحاد الأفريقى، وضيفة الشرف بارك جونهاى رئيسة كوريا الجنوبية ، وحدد له خمس دقائق للحديث . وأشار السيسي – في كلمته - إلى فخره وسعادته لوجوده في القمة كممثل لشعب مصر ، كما أعرب عي سعادته لعودة مصر للاتحاد الأفريقي ، وقال : "إن ثورتي 25 يناير و30 يوليو ثورتين شعبيتين في طريق التنمية " . وأشار الى "الدول التى أخذت موقفا معاديا من مصر في القارة الإفريقية إلا أن الموقف تغير بعد إقرار الدستور وانجاز الانتخابات الرئاسية " ، وزعم أن "إفريقيا باتت تدرك أن 30 يونيو ثورة انحاز فيها الجيش للشعب ونجح الشعب المصري بتوحده في مواجهة ما تعاني منه بعض الدول الإفريقية من حرب أهلية انساقت اليها بعض دول الجوار " . وقد غادر وفد إسرائيلي، يضم 14 دبلوماسيا قاعة انعقاد القمة الأفريقية، إثر احتجاج الوفود العربية على حضوره ، وقال سمير محس ممثل الجامعة العربية، الذي قدم احتجاجه لدى وزير خارجية مالابو أغابيتو مبا موكوي في القاعة، في تصريحات صحفية : "كمجموعة عربية نرفض وجود إسرائيل كمراقب في القمة"، واصفاً حضورها بأنه "غير شرعي". وقال سفير الكويت في أديس أبابا، راشد الهاجري لوكالة الأناضول، الذي تترأس بلاده الدورة الحالية لقمة التعاون العربي الأفريقي، "وجود وفد إسرائيلي في هذه القمة، تصرف غير مقبول، وكمجموعة عربية سنعيد النظر في العلاقات مع غينيا الإستوائية"، مضيفاً "هذا نوع من الاستهتار". وأجرى وزير الخارجية الإسرائيلي، أفيغدور ليبرمان، في وقت سابق من الشهر الجاري، جولة أفريقية شملت، كوت ديفوار، ورواندا، وغانا، وكينيا، وطرح خلال جولته فكرة مشاركة إسرائيل كمراقب في القمة الأفريقية .