طالبت منظمة حقوقية مصرية النائب العام بحفظ التحقيق في الدعوة القضائية المقامة ضد المفكر الإسلامي د.محمد عمارة والاكتفاء بالاعتذار الرسمي الذي تقدم به للكنيسة، بسبب ما ورد فى كتابه " فتنة التكفير بين الشيعة والوهابية والصوفية " من نصوص و إشارات اعتبرتها الكنسية تحريضا صريحا على إباحة دماء غير المسلمين. واعربت المنظمة المصرية لحقوق الانسان عن بالغ قلقها لقيام النيابة العامة باستدعاء المفكر الإسلامي د.محمد عمارة للتحقيق معه. الجدير بالذكر ان أن المفكر الإسلامي د. محمد عمارة قد ضمن كتابه " فتنة التكفير بين الشيعة والوهابية والصوفية " نصوص و إشارات اعتبرتها الكنسية تحريضا صريحا على إباحة دماء غير المسلمين، الأمر الذي أعقبه قيام د. عمارة بتقديم اعتذار وتفسير للخطأ الذي وصفه بأنه غير مقصود . وقد قامت وزارة الأوقاف بسحب الكتاب من السوق على أن يتم إصداره في طبعة جديدة خلال أسبوعين وحذف العبارات التي وردت في الطبعة الأولى وتسببت في إثارة الأزمة الأخيرة غير أن الكنسية رفضت اعتذار د. عمارة وقامت بتقديم بلاغ ضده للنيابة العامة تتهمه فيه بازدراء الأديان لما يتضمنه كتابه من العديد من العبارات التي تستبيح دماء غير للمسلمين ، وبعد ذلك قامت النيابة باستدعائه للتحقيق معه.