نصت المادة التي اقرتها لجنة الخمسين الانقلابية والمتعلقة بمحاكمة المدنيين عسكرياً على أن "القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل في كل الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها ومن في حكمهم، والجرائم المرتكبة من أفراد المخابرات العامة أثناء وبسبب الخدمة". وجاء تكملة النص بالمادة التي تحمل رقم 174، "لا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التي تمثل اعتداءً مباشراً على منشآت القوات العسكرية أو معسكراتها أو ما في حكمها، أو المناطق العسكرية أو الحدودية المقررة كذلك أو معداتها أو مركباتها أو أسلحتها أو ذخائرها أو وثائقها أو أسرارها العسكرية أو أموالها العامة أو المصانع الحربية أو الجرائم المتعلقة بالتجنيد أو الجرائم التي تمثل اعتداءً مباشراً على ضباطها أو أفرادها بسبب تأدية أعمال وظائفهم ويحدد القانون تلك الجرائم، ويبين اختصاصات القضاء العسكري. ونصت المادة في فقرتها الثالثة على أن "أعضاء القضاء العسكري مستقلون غير قابلين للعزل، وتكون لهم كل الضمانات والحقوق والواجبات المقررة لأعضاء السلطة القضائية". وأقرت تلك المادة بموافقة 30 عضوًا مقابل رفض 7 أعضاء، وامتناع عضوين، هما محمود بدر وممدوح حمادة، وذلك بعد مناقشات ساخنة انسحب على إثرها عضو اللجنة مسعد أبو فجر الناشط السياسي المعروف، والذي أصدر بيانًا قال فيه: "هذه المادة بصياغتها الحالية مادة معووجة، والمعووج لا يستقيم حتى لو صوت عليه العالم كله وليس الخمسين عضوًا فقط، وهي مادة غير صالحة من الأساس للعرض ولا ينبغي أن تطرح أمام لجنة الخمسين". وأكد عدد من الأعضاء الذين رفضوا تلك المادة، أن أسباب رفضهم أنها تخضع مصر تقريبًا كلها للمحاكمات العسكرية، وأن بها توغلاً غير مسبوق للمحاكمات العسكرية بحق المدنيين، وأنها أكثر خطوة من الوضع الذي كانت عليه في دستور 2012، وقالوا إنهم سوف يبذلون أقصي جهدهم لعدم خروجتلك المادة بهذا الشكل في التصويت النهائي. وقالت مصادر أن تلك المادة بصياغتها التي مررت اليوم ما هي إلا "قنبلة غاز" للتغطية علي تحصين وزير الدفاع واشتراط موافقة المجلس الأعلى للقوات المسلحة عليه لمدة 8 سنوات قادمة. وأضافت أن هناك استراتيجية خلال الفترة المتبقية من عمر اللجنة، لتخفيف حدة اللجنة في تلك الصياغة، لإظهار الأمر على أنه تراجع لضغوط الأعضاء باللجنة.
