قال الدكتور محمد سلطان محافظ الاسكندرية ان الحادث قد تم نتيجة اشارة خاطئة من سيمافور أصدرها العامل المختص بالسكة الحديد التي أسفرت عن سير القطار المتحرك علي نفس القضبان التي يقف عليها قطار بورسعيد وهو ما أدي إلي سقوط جرار قطار القاهرة وعربتان من قطار بورسعيد. أكدت المهندسة نادية عبده محافظ البحيرة أن قطار بورسعيد كان متعطلا وأن قدوم قطار القاهرة بسرعة كبيرة أدي إلي الحادث. قال المهندس هشام عرفات وزير النقل إن سبب الحادث خطأ في الاشارات الالكترونية. يقول محمود عبدالفتاح مزارع إن قطار بورسعيد وقف لأكثر من ساعة في موقعه حتي أتي قطار القاهرة من الخلف فاصطدم به. أما عبدالحميد عبدالله موظف فقال ان قطار القاهرة قد تجاوز اثنين من السيمافورات كانت تضيء اللون الأحمر لتعطي انذارا بالتوقف ولكنه لم يتوقف بينما قطار بورسعيد كان يقف لعطل مفاجيء أو ربما للسماح لقطار مطروح بالمرور في نفس الوصلة لكن مدة وقوفه طالت كثيراً.