قدم أحمد لطفي السيد باشا استقالته من منصب مدير الجامعة "جامعة فؤاد الأول القاهرة حاليا" ثلاث مرات: المرة الأولي في 19 مارس 1932 لأن وزارة المعارف أيامها أصدرت أمراً بنقل الدكتور طه حسين من عمادة كلية الآداب إلي إحدي الوظائف بديوان الوزارة دون أخذ رأي الجامعة وذلك بإيعاز من رئيس الوزراء إسماعيل صدقي باشا.. واعتبر لطفي السيد ان هذا التصرف مهما كان مصدره هو اعتداء علي استقلال الجامعة وأصر علي الاستقالة واستمر بعيداً عن الجامعة حتي أبريل سنة ..1935 حيث طلب منه أحمد نجيب الهلالي باشا العودة لإدارة الجامعة.. ولكنه اشترط لكي يقبل أن يتم تعديل قانونها بحيث لا ينقل أستاذ منها إلا بعد موافقة مجلس الجامعة كذلك ألا يصدر بشأن الجامعة أي قرار خارجي دون موافقة مجلس الجامعة.. وفعلا تم تعديل القانون وعاد لطفي باشا لإدارة الجامعة. وفي أوائل أكتوبر سنة 1937 قدم استقالته مرة ثانية لأن الأحزاب كانت علي اتصال دائم بالطلاب الأمر الذي أحدث خصاماً بين الطلاب ويضر بالإخاء الجامعي وطلب من وزارة الداخلية تعيين كونستبلات "أمناء شرطة" لحفظ النظام.. لأن البوليس في ذلك الوقت كان لا يجوز له أن يدخل الحرم الجامعي.. ولكن وزارة الداخلية رفضت هذا الطلب.. فقدم لطفي باشا استقالته للمرة الثانية. أما الاستقالة الثالثة فقد كانت عام 1941 والحكاية أن رئيس الوزراء طلب منه العودة إلي الجامعة مرة أخري بعد أن وافق علي شرط ابتعاد رجال الحكومة عن الاتصال بالطلبة لأن الاتصال بهم كان بسبب احتقان بين الطلاب ويثير مشاكل عديدة ورغم ذلك كثر اتصال الوزراء بالطلاب وأدي ذلك إلي تصاعد الخلافات السياسية.. ورفع الأمر إلي رئيس الوزراء الذي أصدر تعليماته إلي الوزراء بعدم الاتصال بالطلبة.. ولكن هذه التعليمات كالعادة لم تجد أي صدي.. واضطر لطفي باشا للاستقالة للمرة الثالثة "من كتاب قصة حياتي لأحمد لطفي السيد باشا" كانت هذه الاستقالات من رئيس الجامعة للمحافظة علي استقلال الجامعة.. ولكن في ظل النظام السابق كان تعيين رئيس الجامعة يتم بموافقة جهات الأمن ومدي التزام رئيس الجامعة بالحزب الوطني وبعد ثورة 25 يناير قامت مظاهرات تنادي باستقالة رئيس الجامعة إلا أنه رفض الاستقالة!!