في شهر محرم 1213ه دارت أول معركة بين الحملة البحرية والقوات البرية التي زحف بهما نابليون الي القاهرة.. وكانت القوة البحرية تنساب في النيل فرع رشيد فعندما وصلت السفن الي مدينة شبراخيت تصدت لها السفن التي بعث بها المماليك.. وكان علي رأسها خليل الكريدلي.. وكانت جموع أهالي الفلاحين تهاجم الأسطول الفرنسي من الشاطئين لمساعدة الاسطول المملوكي الذي استطاع ان يغرق خمس سفن فرنسية كما استولي المواطنون علي سفينتين ولكن كانت المفاجأة هي في أسلحة الفرنسيين ودقة تصويب مدافعها مما مكنهم من اصابة احدي سفن الاسطول المصري وكانت محملة بالبارود والمتفجرات فاتفجرت وانفجرت معها سفينة قائد الاسطول خليل الكريدلي فغرق هو والذين كانوا معه.. ثم ظهر علي الساحة شيخ البلد مراد بك وكان معه تسعة آلاف مقاتل وثلاثة آلاف فارس مملوكي وبعض العرب والفلاحين المسلحين بالبنادق والعصي بينما كانت قوات الفرنسيين نحو 20 ألف جندي وفوجيء مراد بك ان المدافع الفرنسية متحركة وليست ثابتة ولا تقذف أحجارا وانما تقذف قنابل بارودية. وتبين ان هناك أسلوبا جديدا من التنظيم العسكري الذي يعتمد علي المشاة ونظام المربعات الذي ابتكره نابليون ودوخ به جيوش أوربا. وعندما وجد مراد بك هذا الأسلوب الجديد في الحرب وانه لن يقدر عليه قاصدا القاهرة واستطاع في خمسة أيام ان يقيم أسوارا حصينة تستند الي النيل في يميذين وترك خلفه 20 ألفا من الجنود العثمانيين مع 40 مدفعا من الطراز القديم الثابت ووقف هو في اللب مع عشرة آلاف فارس مملوكي بينما كان جناحه الأيسر مكون من بضعة آلاف آخرين والتقي جيش بونابرت مع جيش مراد بك في يوم 26 يوليو 1798. وعلي الرغم من ان جيش الفرنسيين لم يزد علي 20 ألف جندي.. الا ان عبقرية نابليون وسلاح المدفعية المتحرك من ناحية أخري كانا كفيلين بنتائج المعركة مسبقا وقد أدرك نابليون انه لا قيمة للمدافع الثابتة والمتاريس انما هو ابتعد عنها فأصدر أوامره للجيش بالابتعاد عنها.. ومرة أخري أبلغ مراد بك ومن معه فلابد حسنا جعل نابليون يشيد بهم.. وقد حاول مراد بك ان يهاجم الجيش الفرنسي قبل ان يكمل مناوراته فهجموا هجمة أحرجت الجيش الفرنسي ولكن المدفعية الحديثة أنهت الموقف اذ حصدت الألوف من المصريين والمماليك واضطر مراد بك ان ينجو بما بقي لديه من أفراد الحملة. وواصل فراره الي الصعيد وقد أطلق نابليون علي هذه المعركة اسم معركة الأهرام حيث حشد همة جنوده علي هذه المعركة بما قاله: ان 40 قرنا تطل عليكم من قمة هذه الأهرامات وهذه المعركة معروفة باسم معركة امبابة. وقد هرب مراد بك الي سوهاج وتحالف مع الفرنسيين علي أن يحكم الصعيد وفي ذي الحجة سنة 1215ه مات مراد بك وكان في سوهاج.