رفضت الأوقاف إبداء أي تصريح عن واقعة منع الشيخ محمد جبريل من الخطابة في أي مسجد من المساجد التابعة للأوقاف كما رفضت التصريح لأى وسائل إعلام بالأسباب الحقيقية وراء هذا المنع وامتنعت الكثير من المصادر بالأوقاف حتى عن إبداء الرأي في رد فعل الأوقاف تجاه الشيخ محمد جبريل. جاء هذا بعد قرار وزارة الأوقاف بمنع الشيخ محمد جبريل من العمل أو الخطابة داخل أي مسجد في مصر والذي كان بمثابة الصدمة للكثير من محبي الشيخ محمد جبريل، وجاء ذلك على خلفية دعائه بمسجد عمرو ابن العاص، حيث دعا جبريل وقال "اللهم عليك بمن سفك دماءنا، ويتّم أطفالنا، اللهم عليك بالإعلاميين الفاسدين، سحرة فرعون، اللهم عليك بالسياسيين الفاسدين، اللهم عليك بمن ظلمنا، اللهم عليك بمن اعتدى على حرمات البيوت، اللهم عليك بمن طغى وتجبر، اللهم عليك بشيوخ السلطان". ففتحت عبارات جبريل في دعائه النار عليه حيث منعته الأوقاف عن الإمامة والخطابة في أي مسجد تابع لها كما منعت ظهور برامجه على شاشات التليفزيون وأخيرا صدر قرار بمنعه من السفر، جدير بالذكر أنه منذ عام 1988 وهو يؤم المصلين في صلاة التراويح بمسجد عمرو بن العاص، في رمضان، وخاصة تلك الليالي الوترية من العشر الأواخر، ليدعو دعاء القنوت والذي يزيد في كثير من الأحيان عن الساعة. فقد وصفه الشيخ محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، بأنه من "أصحاب الوجوه المتلونة".