دفع المحامى "منتصر الزيات" عضو فريق الدفاع عن متهمى القضية المعروفة إعلاميا ب"خلية الظواهرى" بعدم اختصاص محكمة جنايات القاهرة التى تنظر الدعوى برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى، نظرًا لعدم اختصاصها مكانيًا. فيما أبدى الزيات دفعًا أخرًا بمستهل مرافعته، ببطلان المحاكمة لعدم علانيتها وببطلان التحقيق الابتدائي والاستجوابات للمتهمين والاعترافات الصادرة عنهم، لعدم حضور محامي موكل معهم أثناء التحقيقات ليضيف كذلك بدفعٍ أخر ببطلان التحريات لعدم جديتها. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من العناصر شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.