اثار الملف الديني خلال العام الاول لحكم الرئيس عبد الفتاح السيسي حالة من الجدل خاصة بعد خطابه خلال الاحتفال بالمولد النبوي عندما قال "«مصر ليست دوله إسلامية »و«علينا تغيير الخطاب الدينى ،يجب تغير مفاهيم الدين الإسلامى المعادى للسلام» هذه الجمل التى القاها السيسى على الشعب المصرى فى الشهور الأولى منذ توليه منصب الرئاسة بفترة لا تتراوح الثلاث شهور من تاريخ حكمة , اعتبر خلالها أن الدين الإسلامى به العديد من المفاهيم التى تساعد الأرهاب على التوغل ,فبدأ بتوجيه دعوات كبيرة للقيام بثورة دينيه للقضاء على ما اسماه بالإرهاب ووصف السيسى اثناء خطابه فى احتفالات الذكرى ال51 لإذاعة القرأن الكريم مفاهيم الدين الإسلامى بأنها تعادي تعاليم الاسلام والدول الغربية ، وتجعل المسلمين مصدر قلق وخطر وتهديد للعالم،حيث قال« إن مصر بحاجة إلى ثورة دينية ضد ما أسماه بالأفكار المشوشة والمغلوطة عن الدين الإسلامي، و أن المسلمين أصبحوا يمثلون مصدر إساءة لدينهم ونبيهم حول العالم علي حسب قوله» الجيمع ادرك حينها ان هناك ثورة دينية ستحدث خلال عهد السيسي ولكن لم يتقبل الجميع ذلك فمنهم من ايد ومنهم من عارض ذلك ولكن بعد مرور عام علي عهد الرئيس السيسي الي اين وصل الخطاب الديني في مصر وكيف يراه اهل الدين قال الشيخ عبد الحميد الأطرش رئيس لجنة الفتاوى إن الخطاب الدينى خطاب معتدل وموروث عند جميع الأئمة منذ القدم ولا يحتاج إلي إقامة ثورة دينية عليه او تعديل كما يري الرئيس السيسي واضاف الاطرش في تصريحات خاصة للمصريون ان الدين الاسلامي ليس به مفاهيم خاطئة ولا يدعو الي العنف كما يقال بدليل ان جميع الأئمة يبدأون خطبهم بالآية الكريمة: "إِنَّ اللَّهَ يَأْمُرُ بِالْعَدْلِ وَالْإِحْسَانِ وَإِيتَاءِ ذِي الْقُرْبَىٰ وَيَنْهَىٰ عَنِ الْفَحْشَاءِ وَالْمُنْكَرِ وَالْبَغْيِ ، يَعِظُكُمْ لَعَلَّكُمْ تَذَكَّرُونَ"، فالدين الإسلامي دين متسامح في خطابه ولا يحض على الإجرام بإي شكل من الأشكال علي حسب قوله قال الدكتور احمد كريمة أن هناك خلط بين الخطاب الدينى و خطاب المسلمين و خطاب الاسلام ، وأن الأخير يعني النص الشرعي من القرآن الكريم والسنة أما خطاب المسلمين فيعني فهم الائمة للنص الشرعي ومجموع الاثنين هو الخطاب الديني
واضاف كريمة : بارك الله للرئيس السيسى الذى حرك المياه الراكده الخاصة بالخطاب الدينى والذى لم يجرؤ احد من قبل على الاقتراب منه. أما الشيخ خالد الجندي فوضح أنه لا أحد قادر حتى الأن أن يستوعب قضية تطوير الخطاب الديني لأن التفكير الديني هو الذى يحتاج الى برمجه لينعكس على الخطاب الديني. وأضاف أن الرئيس امامه الكثير ليقوم به فى تلك القضية وطالب الشيخ الجندي باعادة هيكلة المؤسسات الدينية وان يكون تعيين شيخ الازهر بالانتخاب وان يكون انتخاب هيئة كبار العلماء منتخبة من العلماء انفسهم وهى التى تنتخب شيخ الأزهر في حين هاجم الدكتور سعيد عبد العظيم، نائب رئيس الدعوة السلفية، السيسى على خلفية دعوته إلى تجديد الخطاب الديني وإقامة ثورة دينية على الإسلام. واضاف نائب الدعوة السلفية أن الرئيس ينتقد الفكر والنصوص المقدسة التي تعيش بها الأمة منذ مئات السنين، قائلا: «هذا الكلام غاية في الخطورة وقلب للحقائق وانقلاب على الدين حتى وإن طالب قائله بثورة دينية، ولا بد من رد هذا الكلام وتخطئته لا التصفيق له أو السكوت عليه، فالساكت عن الحق شيطان أخرس، والمصفق للباطل شيطان ناطق». وتابع: «كنت أفهم أن نساند المسلمين المستضعفين والمشردين هنا وهناك، لا أن نشن حربًا على الإسلام وأهله في الداخل والخارج، لو وُجد من يوصف بالتطرف والغلو من المسلمين، فبماذا يوصف الأمريكان واليهود والغرب». يقول الشيخ سالم عبد الجليل إن تجديد الخطاب الديني مسؤولية الدعاة والوعاظ والأئمة بالأزهر الشريف، وبالتالي مسؤولية القيادة الدينية التي لا تتحرك إلا من خلال الأوامر، كما لم يتحركوا إلا بعد خطاب الرئيس المتكرر، رغم أنه من المفترض أن تأتي الدعوة منهم واضاف عبدالجليل، أن الدعوة لتجديد الخطاب ليست جديدة، حيث بدأت عقب أحداث 11 سبتمبر للأسف بدعوة من الرئيس جورج بوش الابن، وتحدث عنها من بعده مبارك، وتم تشكيل لجان لهذا الهدف، لتأتي ثورة يناير فيتوقف العمل في ملف تجديد الخطاب الديني ليأتي، عام حكم الإخوان ليهدم ما تم في الملف، حيث تم التخلص من الكتب الخاصة بتجديد الفكر الديني وحرقها، باعتبارها فكرا علمانيا ليأتي عهد الرئيس السابق عدلي منصور، الذي شهد تراجعا في الملف، وصولا إلى الرئيس السيسي الذي أصبح في عهده الحديث عن تجديد الخطاب الديني، والذي دعا له السيسي خلال خطاباته إلى مجرد "شو إعلامي"، لا وجود له على أرض الواقع".