قال الأزهر إنه يتابع ببالغ القلق ما ترتكبه ما تسمى ب"مليشيات الحشد الشعبي" الشيعية المتحالفة مع الجيش العراقي من ذبح واعتداء بغير حق ضد مواطنين عراقيين مسالمين لا ينتمون إلى داعش أو غيرها من التنظيمات الإرهابية . وأعرب الأزهر في بيان حصلت "المصريون" على نسخة منها عن إدانته الشديدة لما ترتكبه هذه المليشيات المتطرفة من جرائم بربرية نكراء في مناطق السنة التي بدأت القوات العراقية بسط سيطرتها عليها خاصة في تكريت والأنبار وغيرها من المدن ذات الأغلبية السنية. وأوضح أن "ما ترتكبه هذه الجماعات من عمليات تهجير وقتل وإعدامات ميدانية ومجازر بحق المدنيين السنة، وحرق مساجدهم، وقتل أطفالهم ونسائهم بدم بارد بدعوى محاربة تنظيم داعش لهو جريمة وحشية يندى لها جبين الإنسانية جمعاء". ودعا الأزهر، المجتمع الدولي ومنظمات حقوق الإنسان للتدخل الفوري والعاجل لوقف هذه المجازر، كما طالب الحكومة العراقية والمرجعيات الدينية المعتدلة إلى إدانة مثل هذه الاعتداءات بشكل واضح، والتدخل الفوري لوقفها وضمان عدم تكرارها. كما أهاب الأزهر بالجيش العراقي أن يدقق النظر في اختيار القوات التي تقاتل إلى جواره، وأن يتأكد أنها تقاتل "داعش" لا أهل السنة، وألا يسمح للميليشيات المتطرفة بالقتال تحت رايته وأن توحد القوات العراقية جهودها في مواجهة الجماعات المتطرفة والميليشيات الطائفية حفاظا على وحدة واستقرار البلاد. وختم الأزهر قائلاً: "يسأل الله عزَّ وجلَّ أن يحمي العراق، وأن يعيد إليه وحدته، وأن تنتهي كافة أشكال الفرقة والتناحر بينهم".