قال الدكتور محيي الدين عفيفي، الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية بالأزهر، إن الإسلام بريء من الجماعات المتشددة والتي تمارس العنف وسفك الدماء باسم الإسلام وعلى رأسهم "داعش"، والتي تتهم كل من لا ينتسب لها ويؤمن بأفكارها الفاسدة بالكفر بما في ذلك الأزهر نفسه. وأضاف في مقابلة مع الإعلامي عمرو عبدالحميد لبرنامج "الحياة اليوم" على فضائية "الحياة"، أن "الأزهر واضح في موقفه إزاء هذه الجماعات وأعلن هذا الموقف في مؤتمره الأخير ضد الإرهاب والتطرف والذي شارك فيه رموز من مختلف المذاهب والأديان حول العالم". مع ذلك، أوضح أن "الأزهر ليس معصومًا من الخطأ فهو مكون بشرى، لكن المشكلة في الهجوم المغرض والممنهج وليس في النقد البناء الذي هو محل ترحيب من الأزهر وشيخه". وأشار إلى أن الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر منذ ثورة 25 يناير وحتى الآن يفتح بابه لكل الأطياف المختلفة والمتفقة مع الأزهر في منهجه ورؤيته ، ويستمع باهتمام للجميع، "لكن المشكلة أن هناك جهات عديدة تحاول إسقاط الدولة بطريقة أخرى من خلال الإجهاز على مؤسسة الأزهر الشريف الذي يعد القوة الناعمة لمصر". وفى رده على سؤال ما إذا كان الأزهر يكفر "داعش" من عدمه، قال عفيفي إن "القاعدة الذهبية التي عليها مذهب أهل السنة والجماعة "أنه لايخرجك من الإيمان إلا جحد ما أدخلك فيه"، ولكن الإسلام يتعامل مع هؤلاء "الدواعش" باعتبارهم يحاربون الله ورسوله ويسعون في الأرض فسادًا وجزاؤهم واضح في القرآن الكريم أن يقتلوا أو يصلبوا أو تقطع أيديهم وأرجلهم من خلاف أو ينفوا من الأرض". لكنه أكد أن "قضية التكفير في حد ذاتها قضية خطيرة ولا يملكها فرد ولا مؤسسة ولا جماعة ولا تنظيم وإنما هي منوطة بالقضاء بعد استيفاء شروطها لما يترتب على ذلك من أحكام خطيرة"، وأشار إلى أن "فتح باب التكفير هو فتنة عظيمة تمزق الأمة فى وقت نحتاج فيه إلى الوحدة".