أنكر اللواء حسن عبد الرحمن رئيس جهاز مباحث أمن الدولة السابق، إصداره تعليمات شفوية بإعدام الأرشيف "السري جدًا" الخاص بالجهاز، مشيرا إلى انه أصدر كتابًا دوريًا بإعدام الأرشيف "السري للغاية" فقط، وذلك لدى إدلائه بأقواله أمام المستشار محمد شوقي مستشار التحقيق المنتدب للتحقيق في قضية حرق أرشيف أمن الدولة. من جانبه نفى اللواء محمود وجدي وزير الداخلية السابق في أقواله أيضا خلال التحقيق معرفته بصدور تعليمات من حسن عبد الرحمن بإعدام الأرشيف السري للجهاز. وقال إنه ليس من سلطة رئيس جهاز مباحث أمن الدولة إصدار تعليمات بإعدام أية وثائق خاصة بالجهاز. وقام المستشار محمد شوقي فتحي مستشار التحقيق المنتدب في شأن وقائع إتلاف مستندات ووثائق جهاز مباحث أمن الدولة (المنحل) باستعجال تقرير اللجنة المشكلة من القوات المسلحة لفحص 75 ألف صفحة مستند من مستندات مباحث أمن الدولة. وتستهدف عملية الفحص بيان ما إذا كانت المستندات تتضمن تجاوزات من ضباط الجهاز المنحل من عدمه، وذلك في ضوء البلاغات المقدمة من بعض الأشخاص التي تتضمن اتهامات لبعض ضباط الجهاز بارتكاب جرائم القبض على الأشخاص دون وجه حق والتنصت وانتهاك حرمة الحياة الخاصة لبعض المواطنين. ومن المنتظر أن يقوم مستشار التحقيق بمواجهة الضباط المتهمين بإتلاف الأرشيف السري جدا بتلك الأقوال التي قررها اللواء محمود وجدي وحسن عبد الرحمن. وكان قد سبق لأعدادٍ كبيرة من المواطنين أن قاموا بتسليم آلاف المستندات والوثائق الخاصة بجهاز مباحث أمن الدولة إلى جهات التحقيق القضائية في أعقاب عمليات اقتحام مقرات الجهاز المنحل في العديد من المحافظات، حيث تم التحفظ على تلك المستندات والوثائق بمعرفة القوات المسلحة لكي تخضع للفحص والدراسة فيما لا تزال التحقيقات جارية بخصوص قيام بعض ضباط مباحث أمن الدولة بحرق وإتلاف العديد من المستندات بالجهاز. ووفقا لمصادر مطلعة أخبرت "المصريون"، فإن معظم الأرشيف السري "الورقي" لجهاز أمن الدولة في كافة مقار الجهاز تم نقله بأوامر من رئيس الجهاز السابق إلى جهة غير معلومة، مؤكدة أن معظم الملفات الهامة محفوظة الكترونيا بالمقر الرئيسي للجهاز بالقاهرة.