اتهمت أحزاب وقوى 30 يونيو، الداعمة للسلطة الحالية جماعة "الإخوان المسلمين" بأنها عملت على اختراق الأحزاب السياسية من خلال بعض "الخلايا النائمة" التابعة لها بالمحافظات، سعيًا إلى دخول البرلمان المقبل، مشددة على ضرورة التصدي لذلك. وقال الدكتور صلاح حسب الله، نائب رئيس حزب "المؤتمر"، إن "أشخاص غير معروفين بانتمائهم لجماعة الإخوان يتقدمون لأمانات الأحزاب بالمحافظات، ويعرضون مبالغ ضخمة لخوض الانتخابات، ولذلك وضع حزب "المؤتمر" عدة إجراءات لقبول عضوية المتقدمين الجدد، ومنها تحويل طلبات الترشح إلى الأمانة المركزية بالقاهرة، فضلاً عن تحري المعلومات عن الشخص المتقدم لعضوية الحزب". وأضاف حسب الله إن "ظاهرة اختراق بعض الخلايا النائمة التابعة لجماعة الإخوان للأحزاب السياسية المصرية موجودة بالفعل، خاصة مع بدء استعدادات الاستحقاق الثالث لخارطة الطريق، والذي يتمثل في الانتخابات البرلمانية". وقال الدكتور رفعت السعيد رئيس المجلس الاستشاري لحزب "التجمع"، إن "محاولات الإخوان في الاختراق تجاوزت الأحزاب ووصلت إلى الحركات الشبابية"، مشيرًا إلى سبيل المثال إلى "اختراق الإخوان حركة 6إبريل وبعض الشباب المتطرفين ممن يطلقون على أنفسهم الاشتراكيين الثوريين ولا زالت محاولات الاختراق مستمرة للأحزاب المصرية". وأعرب السعيد عن توقعه بأنه "سيظهر نواب إخوان أو متأخونون في البرلمان من خلال خلايا نائمة ومرتزقة للأموال التي ستدفع لهم دون خوف أو رادع في ظل عدم وجود عقوبة دستورية خاصة بهذا الأمر". وقال هشام الهرم، مساعد الأمين العام لحزب "الحركة الوطنية"، إن جماعة الإخوان تعمل على اختراق الأحزاب السياسية وتسعى بكل الطرق للوصول للبرلمان المقبل، وذلك من خلال تقديم عدد هائل من الأموال يتم تقديمها للمرشحين والأحزاب غير قادرة على خوض الانتخابات لمرشحيهم ودعمهم الدعم الكامل، وذلك في محاولة للسيطرة والتمكين من البرلمان". وحذر من محاولات "الإخوان" اختراق البرلمان المقبل، وطالب الأحزاب والقوى السياسية للتوحد وعدم ترشيح الشخصيات غير المعروف توجهاتها السياسية. وتحدث عن أن "هناك مخططًا إخوانيًا يحاول الدفع بعدد من الشخصيات غير المعروف انتماؤها للمنافسة في البرلمان المقبل، وهو ما يؤثر على مستقبل البرلمان والدستور".
