تقدم العاملون بالمجلس الأعلى للشئون الإسلامية بمذكرة إلى الدكتور عبد الله الحسيني وزير الأوقاف ورئيس المجلس الأعلى للشئون الإسلامية أكدوا فيها أن الدكتور محمد الشحات الجندي لا يشغل منصب الأمين العام للمجلس كما يدعي، بل هو مستشار لوزير الأوقاف، وأنه يقدم نفسه بالصفة الأولى بخلاف الحقيقية، ويظهر بالفضائيات بغرض تحقيق مكاسب مادية. وجاء في المذكرة، أن الجندي متعاقد مع الوزارة بصفته مستشارا للوزير، اعتبارا من 12/12/2009، على أن يجدد العقد سنويا، بمكافأة شهرية ألف جنيه تصرف من حساب فائض الريع، واتهمته بارتكاب مخالفات في إدارة شئون المجلس الأعلى للشئون الإسلامية- بالمخالفة للعقد- استنادًا إلى نسخة من تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات. إذ يشير التقرير إلى تعاقد الجندي مع مؤسسة "الأهرام" لتوزيع مطبوعات المجلس المختلفة "الدوريات، مجلة الإسلام" بعمولة قدرها 28%، في حين أن المجلس كان متعاقدًا مع مؤسسة "أخبار اليوم" قبل ذلك مقابل 17% من المطبوعات، مما كلف المجلس أكثر من مائة ألف جنية، كفروق عمولات. وكشف التقرير ذاته عن قيام الجندي بصرف مكافآت دورية لنفسه دون موافقة السلطات المختصة، بالمخالفة لأحكام المادتين الثانية والحادية والخمسين من القانون رقم 147 لسنة 1978، ويقصد بالسلطة المختصة الوزير، لكن الدكتور محمود حمدي زقزوق وزير الأوقاف السابق تجاهل هذه التقارير وطالب بتسويتها. واتهمت المذكرة الجندي بأنه يهدف من جميع قراراته لتحقيق مصالحه الشخصية فقط، بعد أن أشارت إلى قيامه باضطهاد بعض الموظفين، الرافضين لسياساته، وذلك من خلال حرمانهم من المكافآت ومطالبتهم بأعمال تتنافي مع مؤهلاتهم العلمية.