رفض الدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية الدعوات بفصل الدين عن السياسة، مؤكدا أن الدين الإسلامي عنصر أساسي من عناصر السياسة، الخاصة برعاية شئون الأمة في الداخل والخارج، واعتبره ركنا أساسيا في المساهمة في هذا الجانب، من ناحية النموذج المعرفي والرؤية الكلية، وتحديد الأدوات والمبادئ العامة والإطار العام. وقال إن الدولة تتكون من عناصر ثلاثة: الأرض، والشعب، والنظام وهذا النظام يختاره الشعب، وعندنا في مصر اختار الشعب الإسلام لأن يكون نظاما وسقفا لحركته، ولذلك فقد ارتضى بالأدوات الديمقراطية، لكنه جعل لها سقفا يحد من الحرية المطلقة التي بنيت عليها الديمقراطية الوثنية في روما قديما أو الديمقراطيات العلمانية في الغرب حديثا. وأضاف أيضا إنه ارتضى بالفصل بين السلطات الثلاثة (التشريعية، والتنفيذية، والقضائية) وارتضى بأن يكون هناك دستور للبلاد وقوانين مقننة وأن يكون هناك أسلوب الانتخاب الحر الذي نولي فيه رئيسا للجمهورية أو نولي فيه غير ذلك من المناصب أو الأعضاء في البرلمان ارتضى بأن تكون هذه الدولة دولة مؤسسات وارتضى بالحريات العامة وبحقوق الإنسان، فآمن بحرية العقيدة "فمن شاء فليؤمن ومن شاء فليكفر"، وبحرية الانتقال والعمل والسكن، وهذه هي الحريات الأربعة الكبرى تشكل الدولة ونظامها. وأكد أن الدين لا يتدخل في السياسة الحزبية، بمعنى التنازع الحزبي بين طوائف معينة من أجل الحصول على كراسي في النقابات أو المحليات أو المجالس التشريعية أو مجلس الشورى أو نحو ذلك، ويترك الناس بحرية كاملة تختار مصيرها. جاء ذلك في رده على سؤال عن تعريف الدولة في الإسلام، وأي مدى يمكن أن يدخل الدين مع السياسة؟. وقال مفتي الجمهورية إنه يجب على الحكومة أن تلتزم بنظام يكون في خدمة الدولة، وهذه الدولة تكون بحماية الوطن، وتابع: إذا انهارت الحكومة أو أخطأت أو حوسبت أو أزيلت أو استقالت أو أقيلت فإنه يبقى النظام، لكن إذا سقط النظام واستشرى فيه فساد أو استشرى فيه خلل فسقط، فإن نظاما آخر يأتي مع البقاء على الدولة، لأن القدح في الدولة هو "نوع من أنواع الفوضى الذي يؤول بنا إلى ضياع الأوطان"، مشددًا على أن الدولة لا بد أن تبقى والوطن لا بد أن يحافظ عليه.