طالبت جماعة 9 مارس لاستقلال الجامعات بعدم عدم التدخل الأمني في الأنشطة الطلابية وإلغاء اللائحة الطلابية لسنة 1979 وصياغة لائحة جديدة بطريقة ديمقراطية تضمن حرية العمل الطلابي في تكوين الأسر والعمل السياسي والتظاهر وكل صور التعبير عن الرأي وكذلك عدم تدخل الأمن في صميم الأمور الجامعية مثل تعيين المعيدين والسفر لمهمات علمية وتنظيم المؤتمرات والندوات ودعوة الضيوف من خارج الجامعة كما طالبت بانتخاب القيادات الجامعية بدلا من نظام التعيين . ودعت المجاعة ، خلال المؤتمر الثالث الذي عقدته تحت عنوان "الحريات الأكاديمية في الجامعات المصرية الوضع الراهن والمعوقات والحلول " ، إلى انتخاب أعضاء مجالس إدارات نوادي أعضاء هيئة التدريس وإلغاء المجالس المعينة ومنح الكليات الحرية في تقرير نظام الدراسة والامتحانات بما يتسق مع الأهداف التعليمية والعلمية وتشجيع أعضاء هيئة التدريس على التفرغ العلمي لمن يرغب منهم بتشجيع الجامعة وتمويلها . وأكد البيان على أهمية أن قيام الإدارة الجامعية بالتصدي والمواجهة الحازمة للسرقات العلمية كما أعلنت عن تأييدها للقضاة المصريين في وقفتهم الشجاعة من أجل استقلال القضاء .