تنظر اليوم محكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بأكاديمية الشرطة، برئاسة المستشار شعبان الشامي، أولى جلسات محاكمة الرئيس محمد مرسي و35 متهمًا آخرين من قيادات وأعضاء تنظيم الإخوان، بتهم التخابر مع منظمات وجهات أجنبية خارج البلاد، وإفشاء أسرار الأمن القومي، والتنسيق مع تنظيمات جهادية داخل مصر وخارجها، لإعداد عمليات داخل الأراضي المصرية. وكشفت التحقيقات أن المتهمين اتحدوا مع عناصر أخرى تابعة للجماعات التكفيرية المتواجدة بسيناء، لتنفيذ ما تم التدريب عليه، وتأهيل عناصر أخرى من الجماعة إعلاميًا بتلقي دورات خارج البلاد في كيفية إطلاق الشائعات وتوجيه الرأي العام لخدمة أغراض التنظيم الدولي للإخوان، وفتح قنوات اتصال مع الغرب عن طريق دولتي قطر وتركيا.
كما أوضحت التحقيقات أن التنظيم الدولي وبعض البلاد الأجنبية دعموا قيادات جماعة الإخوان بمصر، بتحويل الأموال اللازمة لهم لتنفيذ المخطط الإجرامي وخلق الفوضى بالبلاد.