قوبل رفض جريدة "المصري اليوم" نشر الجزء الثاني من مقال المفكر الإسلامي الدكتور محمد سليم العوا، تنفيذا لرغبة مالكها رجل الأعمال نجيب ساويرس، بعد أن أبدى استياءه من الجزء الأول من المقال الذي حمل عنوان: "الكنيسة والوطن" باستنكار واسع ومن قبل صحفيين وسياسيين ومثقفين، في الوقت الذي زعمت فيه الجريدة أن قرراها جاء لاعتبارات وطنية وصيانة لأمن المجتمع. يأتي هذا فيما علمت "المصريون"، أن الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح الإخواني البارز رفض نشر حوار له كان قد أجرته معه الجريدة تضامنا مع الدكتور العوا واستنكارا لما قامت به الجريدة معه، في أحدث تضامن معه بعد أن قرر الكاتب بلال فضل التوقف عن كتابة مقاله اليومي "اصطباحة" للسبب ذاته. وأبدى جمال عبد الرحيم عضو مجلس نقابة الصحفيين استغرابه من موقف الجريدة، مؤكدا أنه ما كان لها أن تلجا إلى مثل هذا الأسلوب، خاصة في ظل ادعائها الدائم أنها صحيفة ليبرالية وتستوعب جميع الاتجاهات والأفكار والآراء، معتبرا أن عدم نشرها المقال "شيء مثير للاستغراب" في ظل نشرها مقابلات ومقابلات لآخرين لا يتركون مناسبة وإلا وهاجموا فيها الإسلام. وضرب مثلاً على ذلك بالدكتورة نوال السعداوي، التي سبق أن نشرت الجريدة مقابلات ومقالات لها، على الرغم من أنها تتضمن أفكارا شاذة وغريبة وتحمل هجوما شرسا على الفكر الإسلامي، وكذلك سيد القمني رغم الفتاوى الصادرة التي تعتبر مؤلفاته تتضمن الكثير من الأفكار الملحدة وهجوما مباشرا على الإسلام. وأكد استحالة أن تتضمن مقالات شخص بحجم العوا أفكارا أو موضوعات تزيد من حالة الاحتقان في البلد أو تزيد من الفتنة الطائفية، قائلاً إن الكنيسة هي المسئولة عن إشعال الفتنة في ضوء تصريحات قياداتها أمثال الأنبا يشوي. ويقول: على الرغم من أن الصحف الخاصة احتلت مكانة متقدمة على رأسها "المصري اليوم" إلا أن مثل هذه المواقف ومن قبل نسبها تصريحات إلى الدكتور حسن نافعة، المنسق العام ل "الجمعية الوطنية للتغير" لم يدل بها، يؤكد أن موقفها من العمل المهني ليس على ما تدعي ويشير إلى تآكل مصداقيتها عند القراء. أما الدكتور عبد الحليم قنديل الكاتب الصحفي، ورئيس تحرير جرائد "العربي" و"الكرامة" و"صوت الأمة" سابقًا فأوضح أن جريدة "المصري اليوم" بشكل عام لها أداء مهني شهدت به طائفة واسعة من القراء، لكن كلما زاد نفوذها زادت رغبة التحكم بها سواء من قبل جماعة "البزنس" أو "جماعة الأمن"، خاشيا من تلاشي تلك الأصول المهنية التي تتحدث عنها الجريدة دائما في تعاملها مع الأحداث والمواقف وتتحكم "الأصول الأمنية" و"البزنس" في النشر بطريقة أكبر من الأصول المهنية. وأشار إلى أنها ليست الواقعة الوحيدة التي توجه فيها الجريدة للقيام بدور ما من قبل تلك الجماعات، لاقتا إلى طريقة تناولها لقضية التنظيم الدولي ل "لإخوان المسلمين" وطريقة النشر عن الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح، إلي جانب تعمدها "الخطأ" في نسبة بعض الأخبار غير الصحيحة إلى المعارضة كما حدث مع "الجمعية الوطنية للتغيير" في الحديث على أن الدكتور محمد البرادعي رفض حضور الاجتماعات لو أن شخصًا ما حضر وأضافت إن حركة "كفاية" كانت تضررت جراء ذلك حيث نشرت الجريدة خبرًا على لسانه يقول إن كل "الأحزاب تمول من خارج البلاد" وإنه حين أرسل تصحيحا في ذات اليوم لم تنشره واستمرت في المتابعة على خبر مكذوب. وقال إن هناك أدوارا "مريبة" تحيط ب "المصري اليوم"، معتبرا أن التطور الذي طرأ مؤخرا على الجريدة "غير مستغرب بشكل عام"، إلا انه يُستغرب من ادعائها بأنها جريدة "تحتكم إلى المهنية"، في الوقت الذي تزايدت فيه "الحسابات الأمنية" لديها وهذا "يأكل من مصداقيتها"، على حد قوله. من جانبه، ضرب الدكتور محمد جمال حشمت عضو مجلس شورى الجماعة بجماعة "الإخوان المسلمين"- الذي كان محور إحدى أبرز القضايا التي بنت الجريدة عليها شعبيتها في انتخابات 2005 حين شهدت المستشارة نهى الزيني بتزوير الانتخابات في دائرة دمنهور لصالح منافسه الدكتور مصطفى الفقي- أمثلة على مواقف كثيرة له مع الجريدة، حيث أنه قام بسرد تفاصيل هامه وخطيرة في مقال له خاصة بالانتخابات البرلمانية السابقة وقصة إسقاطه، ولم يتم نشره نظرا لوجود صداقة بين الفقي ورئيس التحرير مجدي الجلاد ورجل الأعمال نجيب ساويرس. وأشار إلى قيام رئيس التحرير بعقد ندوة خاصة للدكتور الفقي بعد ذلك، إلى جانب أن كثيرًا من الأخبار يتم تحريفها والكثير من التصريحات التي أدلي بها خلال الفترة السابقة للجريدة القليل والنادر منها هي التي تنشر، مؤكدا أنه وبعد ما حدث مع الدكتور العوا وقرارها بعدم نشر الجزء الثاني من مقاله قد أفصحت الجريدة عن وجهها الحقيقي، على حد تعبيره. وأوضح حشمت ردا علي تبرير الجريدة بأن عدم النشر جاء لاعتبارات وطنية وصيانة لأمن المجتمع، أن الدكتور العوا من العقلاء الذين يحسبون كل كلمة بل كل حرف يخرج منهم بميزان من الذهب، وبالتالي فاتهامه بأنه يهدد الوحدة الوطنية هذا اتهام موجهة من الكنيسة وعلي لسانها، واتهام من البابا شنودة يتبناه نجيب ساويرس وأبواقه، فلا احد يستطيع أن يدعي أن كتابات العوا أو أحاديثه تهدد أمن مصر أو وحدة مصر.
