نسبت صحيفة أمريكية كبيرة إلى محققين أمريكيين أنهم يشيرون بأصابع الاتهام إلى مؤسسات تمثل ذراعا لجماعة الإخوان المسلمين في الولاياتالمتحدة قد تكون متورطة في التغطية على أعمال إرهابية وخاصة العملية الأخيرة التي وقعت في بوسطن وراح ضحيتها العديد من القتلى والجرحى . ووفق صحيفة "يو إس إيه توداي" واسعة الانتشار ، فقد تأسس مسجد كامبريدج ، الذي كان يصلي فيه بانتظام الشقيقان المتهمان في أحداث بوسطن في عام 1982 على يد طلاب في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا وجامعة هارفارد ومدارس أو جامعات أخرى في منطقة بوسطن ، ويتبع المسجد الجمعية الإسلامية الأمريكية واالتي يقول عنها المدعون الفيدرااليون أنها "ذراع علني" للإخوان المسلمين. المسجد الذي كان يحضره الشقيقان المتهمان في التفجير المزدوج في ماراثون بوسطن لديه روابط بمشتبهين آخرين بالإرهاب، وقد دعا متحدثين متطرفين للخطابة في مسجد شقيق في بوسطن، وهو يتبع مجموعة إسلامية يقول عنها النقاد انها تركز على مظالم{ضد الإسلام والمسلمين} بشكل يمكن أن يؤدي إلى التطرف. العديد من الأشخاص الذين حضروا مسجد كامبريدج الخاص بالجمعية الإسلامية ببوسطن في ماساشوستس كانوا تحت التحري أو التحقيق فيما يتعلق بالإرهاب الإسلامي، ويشمل ذلك إدانة الرئيس الأول للمسجد، عبد الرحمن العمودي، فيما يتعلق بمؤامرة اغتيال ضد أمير سعودي. وقد دعا مسجد شقيق في بوسطن، والمعروف باسم المركز الثقافي للجمعية الإسلامية في بوسطن، ضيوف قد دافعوا عن مشتبهين بالإرهاب. وقد ظهر أمين سابق في سلسلة من أشرطة الفيديو كان يدعو من خلالها إلى التعامل مع المثليين جنسيا باعتبارهم مجرمين، وقال إنه يجب على الأزواج ضرب زوجاتهم، وكان يدعو الله لقتل الصهاينة واليهود، وذلك وفقا لمجموعة "أمريكيون من أجل السلام والتسامح" Americans for Peace and Tolerance، وهي مجموعة تشمل أديان مختلفة قامت بالتحري عن هذه المساجد. رئيس المجموعة هو من بين النقاد الذين يقولون ان المسجدين يقومان بتعليم نوع من الفكر الإسلامي الذي يشجع على الشعور بالضيم والشكاوي ضد الغرب وعدم الثقة في تطبيق القانون والمعارضة لأشكال الحكم والملابس والقيم الاجتماعية الغربية. وقد قال رئيس المجموعة، تشارلز جاكوبس "اننا لا نعرف أين تم تحول هؤلاء الشباب للتطرف، ولكن لدى هذا المسجد منهج دراسي يؤدي التي تطرف الناس. وقد تحول غيرهم الى التطرف هناك". ويصر يوسفي فالي، المدير التنفيذي بالمركز الثقافي للجمعية الإسلامية في بوسطن، ان مسجده لا ينشر أيديولوجية راديكالية ولا يمكن أن يُلام بسبب أفعال قام بها بضعة مصلون. وقال فالي"اذا كان هناك حقا أي قلق حول كوننا متطرفين، فإن وكالات تطبيق القانون في الولاياتالمتحدة مثل مكتب التحقيقات الفيدرالي ووزارات العدل والأمن القومي لن تكون شريك مع الجمعية الإسلامية الأمريكية ومسجد بوسطن في عقد الاجتماعات الشهرية المستمرة منذ أربع سنوات،" في اشارة واضحة الى برامج التواصل مع الجاليات الإسلامية الذي تقوم به حكومة الولاياتالمتحدة. وتعود ملكية مسجدي كامبريدج وبوسطن، الذين يفصلهما نهر تشارلز، إلى نفس الكيان، لكن يتم إدارتهما بشكل منفرد. وإمام مسجد كامبريدج، الشيخ بسيوني نهيلة، هو أحد أعضاء مجلس إدارة مسجد بوسطن. وكان جوهر تسارناييف وشقيقه تامرلان تسارناييف يحضران الصلوات في مسجد كامبردج، وهما متهمان بوضع قنبلتين أسفرتا عن مقتل ثلاثة أشخاص وجرح 264 آخرين على الأقل في ماراثون بوسطن في 15 ابريل. لم يشر مكتب التحقيقات الفيدرالي (FBI) إلى أن أي من المسجدين كان متورطا في أي نشاط إجرامي، ولكن بعض الحاضرين والمسؤولين بالمسجد قد تورطوا في أنشطة ارهابية . الأمر المشترك بين المسجدين هو الانتماء أو التبعية للجمعية الإسلامية الأمريكية، وهي منظمة تأسست في عام 1993 وتصف نفسها بأنها حركة للنهضة الإسلامية الأمريكية. كما تم وصفها من قبل النيابة العامة الفيدرالية في المحكمة باسم "الذراع العلني" لجماعة الإخوان المسلمين التي تدعو إلى الشريعة الإسلامية، وهي المنظمة الأم لحماس التي تعتبرها الولاياتالمتحدة جماعة إرهابية.