انتقد الدكتور رفيق حبيب - الباحث والمفكر السياسي - فكرة أن القضاء جامل الاخوان وحماهم في ظل النظام السابق مشيرا إلي أن هذا الأمر غير حقيقي. وقال حبيب في تدوينة علي فيس بوك : لكن ظهرت خصومة بين بعض القضاة وجماعة الإخوان المسلمين، تبدو في الواقع غريبة. فبعض القضاة رأى أن القضاء أنصف الإخوان زمن النظام السابق، وعليهم رد الجميل. رغم أن عشرات الآلاف من أعضاء الجماعة تعرضوا للحبس الاحتياطي، ولم ينصفهم أحد، كما صودرت الأموال، وأغلقت الشركات، وحلت الجمعيات، ولم ينصفهم أحد. بالطبع كان للقضاء أحكام أنصفت الإخوان، في بعض الأحيان، كما أن تحويل قضايا الإخوان للمحكمة العسكرية، عبر عن عدم وجود احتمال لمحاسبتهم أمام القضاء العادي. وأردف: في كل الأحوال، فإن فكرة أن القضاء أنصف الإخوان، وعليهم رد الجميل، تبدو غريبة. والأغرب منها، أن يرى البعض في تصرف الإخوان جحودا، فيرد عليهم بأحكام قضائية. والمسألة هنا تتعلق، بحماية مصالح القضاة، أكثر من كونها تتعلق بأي بعد أيديولوجي. فبعض القضاة، كان يعتبر أن على الإخوان رد الجميل للقضاة، بتحصين المزايا التي يتمتع بها القضاة من أي تعديل أو تغيير، سواءً عن طريق الدستور أو القانون.