قالت قيادات بحزب النور السلفي أن الأزمة الأخيرة مع حزب الحرية والعدالة ومؤسسة الرئاسة كان سببها الأساس تقدم الحزب بملفات وصفوها بالموثقة إلى رئاسة الجمهورية عن أخونة الدولة بوتيرة متسارعة ، وأن إقالة الدكتور خالد علم الدين وتجريحه تأتي في هذا السياق . وقال عضو الهيئة العليا بالحزب، شريف طه، "إن الأزمة بين حزبى النور والحرية والعدالة قائمة منذ مدة، إلا أنها تصاعدت بعد أن قدم حزب النور للرئيس ملفات موثقة تثبت أن هناك مساعى لاستحواذ الإخوان على مفاصل الدولة". وأضاف طه أن "النور صعّد، إعلامياً، ضد بعض ممارسات الإخوان، وهو ما مثل إزعاجا للجماعة، التى كانت تلجأ لتمرير خلافاتها مع الأحزاب والحركات الإسلامية، باللعب على مصلحة الشرع والدين والمركب الواحد، وأن أى هجوم ما يمثل تدميرًا للمشروع الإسلامى، وهو ما لم يلتزم به الإخوان فى حال حدوث خطأ من حزب النور". وكشفت مصادر بحزب النور بحسب الشروق إن أمانات الحزب فى المحافظات أعدت ملفًا كاملاً عن أخونة الدولة، مؤكدة أن "الأخونة تسير بخطى سريعة".وقال رئيس الحزب، يونس مخيون، إن "ما حدث يؤلمنا ونحتسبه عند الله، وأدعو الجميع إلى استشعار خطورة المرحلة، وسنظل منحازين للحق ساعين فى الإصلاح ولم الشمل فى خدمة الوطن". بينما أكد عضو المجلس الرئاسى، الأمين العام المساعد للحزب، محمد إبراهيم منصور، أن الحزب يدرس بيان الرئاسة وسيصدر بيانا للرد عليه.