طبقاً لتقديرات المنظمة الدولية لحقوق الإنسان ازداد التهديد الذى تشكله الجماعة الإسلامية المتطرفة "الأمر بالمعروف والنهى عن المنكر" على حرية الصحافة فى مصر، ووفقاً لمنظمة حقوق الإنسان فإن الجماعة تعتبر نفسها "أداة لتطبيق الشريعة" ولذا تهدد المسلمين المنفتحين والليبراليين وتضايق النساء اللاتى لا ترتدين الحجاب. وانتقدت المنظمة تراخى الحكومة المصرية لعلمها بتهديدات جماعة "الأمر بالمعروف" للصحفيين الليبراليين بالقتل، ولم توفر لهم الحماية منها. والجدير بالذكر أن الجهات الأمنية حتى الآن لم تعلن عن أسماء مَن قام بالحادثة المفجعة التى ارتكبها أعضاء الجماعة فى السويس، والتى قامت بقتل أحد الشباب – أحمد حسين طالب هندسة - وتركوه ينزف حتى الموت لأنه كان متواجداً فى ساعة متأخرة من الليل بصحبة فتاة أكد أنها خطيبته، وصرح بعض أعضاء الإخوان المسلمين التابعين للحزب الحاكم بأن هذه الحادثة مفتعلة ويُراد بها تشويه الإسلاميين فى مصر. وذكرت المنظمة الدولية لحقوق الإنسان فى تقرير لها أن منذ تولى مرسى مهام منصبه منذ فترة قصيرة شغل بعض أعضاء الإخوان المسلمين المناصب الهامة والرئيسية فى وسائل الإعلام الحكومية، وقاموا بكبت حريات الصحفيين العاملين بها. كما أشارت المنظمة إلى أنه ليس هناك صلة بين جماعة "الأمر بالمعروف والنهى عن المنكر" وجماعة الإخوان المسلمين، حيث تطارد الحكومة هذه الجماعة دون فائدة، وأصبحت أكثر التهديدات موجهة إلى الصحفيين الليبراليين على وجه الخصوص ومن أبرزها التهديدات التى تعرض لها الصحفى "سعيد شعيب" وزوجته الكاتبة "إسلام عزام"، وقد تلقى شعيب –الصحفى بأحد أكبر الجرائد الحكومية "الأهرام"- وزوجته وبعض زملائه تهديدات عديدة ليوقف كتاباته المضادة لجماعات الإسلام السياسى والإخوان المسلمين. وكان مضمون إحدى هذه التهديدات "عليك أن تتوقف فوراً عن مهاجمة الإسلام والعودة إلى شرع الله وترك مبادئك العلمانية والتوقف عن انتقاد القيادات الإخوانية"، أما بالنسبة إلى زوجته الصحفية الناقدة فقد طالبوها بارتداء الملابس الإسلامية وترك العمل مبررين أن العمل للرجال. وعلى عكس زملائه تقدم سعيد شعيب ببلاغ رغم تخوفه أن تبقى السلطات ساكنة ولن تحقق فى الأمر، ولكن يظل شعيب مثالاً لمستقبل حرية الصحافة فى مصر، وأشارت المنظمة الدولية لحقوق الإنسان إلى أن بعض الصحفيين قاموا بالتنسيق مع المنظمات الحقوقية للقيام بمسيرات تضامن أمام مبنى نقابة الصحفيين. وطالبت المنظمة الدولية لحقوق الإنسان من الرئيس مرسى بذل أقصى جهد لحل قضية سعيد شعيب، مشيرةً إلى أن القضية لا تمثل شعيب وحده وإنما هى رمز لحرية الصحافة فى مصر. وصرح كارل هافن- المدير التنفيذى لمنظمة حقوق الإنسان الدولية- بأن التهديدات التى تعرض لها الصحفيون لا تمثل خطرًا على حياتهم فقط بل على الصحافة المصرية وحرية التعبير، وتعتبر هذه التهديدات رسالة موجهة لكل الصحفيين الناقدين الذين يمكن أن يكتبوا ضد الإسلام السياسي.