أثارت فتاوي مجلس علماء إندونيسيا ضجة كبيرة في الأوساط الدينية والسياسية خاصة فيما يتعلق بموقف الإسلام من الليبرالية والعلمانية وتكفير الفرقة الأحمدية وتحريم الزواج من غير المسلمين . ونصت الفتوى الأولى التي صدرت في ختام مؤتمر المجلس السابع على أن 'التعاليم الدينية المتأثرة بالأفكار العلمانية والليبرالية هي تعاليم منافية لحقيقة الدين الإسلامي , وعلى المسلم أن يعتقد أن دين الإسلام هو الدين الحق وأن ما سواه هو الباطل' . وقال رئيس لجنة الفتوى بالمجلس معروف أمين في تعليقه على الفتوى بأنها لم تسم أحدا ولا منظمة بعينها إلا أنها جاءت كرد فعل ضد منظمتين إسلاميتين معاصرتين هما شبكة الإسلام الليبرالي , وشبكة مثقفي شباب المحمدية . وأضاف أمين أن أفكار هاتين المنظمتين أفكار منحرفة عن تعاليم الشريعة الإسلامية , حيث أنهم يفسرون الحقائق الدينية المتعارف عليها وفق قناعتهم الشخصية وبما يتناسب مع الأفكار الغربية الدخيلة المتعارضة مع النصوص الشرعية , وعلي سبيل المثال عدم إجازتهم للتعدد في حين أنه منصوص في القرآن والسنة . وطالبت كبرى المنظمات الإسلامية الإندونيسية (نهضة العلماء) التي تضم 40 مليون عضو على لسان رئيسها هاشم مزادي من مجلس العلماء بإصدار تعريفات واضحة للعلمانية والتعددية والليبرالية التي على أساسها تم إصدار الفتوى .