صرح الشيخ أبو إسحاق الحويني أن الأزهر تخلى عن دوره الحقيقي وأصبح مسيسا ، وانتقد القيادات الدينية في المؤسسات الدينية بأنهم أقل علما من كثير من علماء يعملون بنفس المؤسسة ولكن لأن اختيار المسئولين من الشيوخ أصبح مسيساً كي لا يتم وضع عالم حقيقي يؤثر في الناس . وقال الحويني في حوار لبرنامج " سهرة خاصة" على فضائية الناس للشيخ خالد عبد الله أن الصحف أصبحت " صحف مصاطب" ولغتها لغة "مصاطب" لا تؤرخ للأحداث بل دخلت في مشاحنات وأكاذيب مستمرة وقصص وهمية لا تمس للواقع بصلة. وتطرق الحويني لمطاردات نظام مبارك له حيث تم مصادرة مكتبه مرتين وإيقافه ستة أشهر عن الخطابة ، وكيف كان الأمن شديد التعنت مع الشيوخ وكانوا يزرعون لنا المخبرين في المساجد ويمنعونا من إلقاء الدروس والخطب، وأضاف الشيخ الحويني : فلما منعوني من الخطابة والدروس كنت أصلي في المسجد وأخرج على باب المسجد لإعطاء الطلبة الدروس في الشارع . وكشف الشيخ الحويني أنه بدأ يحقق أمنيته التي كان يحلم بها طول سنوات طويلة مضت وبدأ يحققها بعد الثورة وهي بناء " معهد علمي" وسيكون أول معهد علمي في مصر بهذه الضخامة فهو 11 دور على مساحة ربعمائة متر ونحن الآن في الدور السادس ويتم بنائه بتبرعات من داخل مصر ومكانه في كفر الشيخ ، وقال الشيخ : أتمنى أن ننطلق في مسيرتنا لأنه سيصبح المفرخ الطبيعي لكتيبة "حرس الحدود" ،كما أطلقت عليهم وهم الدعاة الذين سيكون لهم فكر ديني صحيح ويحفظون دين الله في هذا الوقت العصيب. الحويني : تم مصادرة مكتبتي مرتين ومنعي عن الخطابة في عهد مبارك الحويني : تم مصادرة مكتبتي مرتين ومنعي عن الخطابة في عهد مبارك الحويني : حققت حلمي بعد الثورة ببناء " معهد علمي " لكتيبة "حرس الحدود" من الدعاة