كشفت تقارير الجهاز المركزى للمحاسبات الصادرة عامى 2009 / 2010 و 2010/ 2011، بشأن شركات الأدوية التابعة لقطاع الأعمال، عن وجود مخالفات فى طرق نظم الضبط والرقابة ونظم التكاليف ببعض الشركات، ما تسبب فى تضخم مديونية وزارة الصحة والجهات التابعة إلى 540 مليون جنيه. وأشارت التقارير إلى أن أهم هذه المظاهر هى عدم وجود سجلات ودفاتر لدى الشئون القانونية للمتابعة من حيث العهدة حيث تم إعدام الأوراق والمستندات، مؤكدة أن نظام التكاليف المطبق ببعض الشركات لا يفى بأغراض الرقابة ولا يتضمن معدلات معيارية للفاقد والتالف للمنتجات للوقوف على الاختلافات فى الإنتاج الفعلى أولا بأول ومحاسبة المسئولين عنها والعمل على تلافيها مستقبلا. وأشارت التقارير إلى عدم قيام القطاع المالى بدوره الرقابى تجاه أنشطة بعض الشركات وفروعها والمتابعة المستمرة لفترات وحدود ائتمان، ومدى كفاية الضمانات حفاظاً على أموال الشركات لتلافى المخاطر الناتجة عنها. وأضاف التقرير اعتماد بعض شركات القطاع على إنتاج مستحضر واحد فقط يحقق أعلى نسبة مبيعات وربحية ( مثل الريفو ويحقق نسبة 16% من مبيعات الشركة العربية للأدوية والصناعات الكيماوية، ونسبة 50 % من مجمل الربح خلال عام 2009 / 2010، ومستحضر البيج فيرون ويحقق نسبة 73 % من مبيعات شركة ممفيس للأدوية والصناعات الكيماوية، ونحو 17 مليون جنيه ربحيته خلال نفس العام. وأكدت التقارير الرقابية أن قطاع الأدوية يعانى العديد من المشاكل التى تكشف أثناء المراجعة الدورية للشركات مثل تهالك وتقادم معظم خطوط الإنتاج والمعدات والأجهزة، بالإضافة إلى إغلاق بعض الأقسام الإنتاجية لاشتراطات فنية، وعدم إدراج استثمارات تتناسب مع خطة التطوير ومتطلبات الجودة المطلوبة. وكشف التقرير عن عدم تنفيذ الاستثمارات المعتمدة بما يحقق خطة الإحلال والتجديد ما أثر بالسلب على كفاءة التشغيل ونتاج الأعمال، مشيرًا إلى عدم تغطية الاعتمادات المستندية بالكامل فى تاريخ فتحها بالبنوك طبقا لتعليمات البنك المركزى ما أثر سلباً على نتائج أعمال الشركة المصرية لتجارة الأدوية حيث بلغت قيمة الغطاء نحو 228 مليون جنيه فى 30/ 6 / 2010. وأكدت التقارير افتقار المكاتب العلمية لشركات القطاع للكفاءات والكوادر التى تقوم بالدعاية مقارنة بالشركات المثلية من القطاع الخاص وهروب الكفاءات منها ما يؤثر سلبًا على مبيعات شركات القطاع ومعدلات نموه فى سواق الدواء، فضلاً عن تركيز الدعاية على بعض المستحضرات فقط واعتماد بعض شركات القطاع على مستحضر واحد فقط يحقق أعلى نسبة مبيعات وربحية. وأشار التقرير إلى تضخم مديونية وزارة الصحة والجهات التابعة لتصل إلى 540 مليون جنيه فى 30/ 6 / 2009 بالشركة المصرية لتجارة الأدوية، وعدم سداد وزارة المالية للدعم المستحق للشركة المصرية بنحو 46 مليون جنيه حتى 30 / 6 / 2009. وشد التقرير على ضرورة الاعتمادات المستندية بالكامل فى تاريخ فتحها بالبنوك طبقا لتعليمات البنك المركزى الأمر الذى أثر سلبًا على نتائج أعمال الشركة المصرية لتجارة الأدوية حيث بلغت قيمة الغطاء نحو 228 مليون جنيه فى 30 / 6 / 2009 تم تمويلها من البنوك وهو ما يعد سحبًا على المكشوف.