كشفت مصادر مقربة من شيخ الأزهر أن انتقاداته الأخيرة لجماعة الإخوان المسلمين وهجومه الشديد علي محاولات تصوير نفسها علي أنها المتحدث الرسمي باسم الإسلام جاء بسبب استياء الشيخ من الكتاب الذي أصدره نواب الجماعة د. محمد مرسي والنائب علي لبن " الأزهر بين الواقع وأفاق المستقبل" والذي اشتمل علي وثائق ومستندات تدين ما يحدث في الأزهر من تجاوزات ومدي سيطرة الأمريكان علي مناهج الأزهر وتعديلها وفق ما يخدم المصالح الأمريكية وينتقد العجز المالي الصارخ الذي يعاني من المؤسسة الأزهرية. وأوضحت المصادر أن شيخ الأزهر اعتبر الكتاب حملة عليه شخصياً وعلي الأزهر ومحاولة من الجماعة لسحب البساط من تحت أقدامه بل أن الشيخ زاد علي ذلك وأتهم مؤلفي الكتاب بترديد أكاذيب ضده شخصياً وضد الأزهر بصورة عامة وهو ما أشعل غضبه وصمم علي رد الصاع صاعين للجماعة. من جانبه أوضح الدكتور محمد مرسي المتحدث الرسمي باسم نواب الإخوان أن ما يطلق عليه الأزهريون الواقع وأفاق المستقبل ليس كتاباً بل يجمع بعض الاستجوابات التي كان الإخوان ينوون طرحها أمام مجلس الشعب إلا أن الحكومة طلبت تأجيلها إلي أن يحل هذه المشاكل نافياً أن يكون غرض الكتاب انتقاد شيخ الأزهر فالإخوان لا يرغبون في استفزازه بل يسعون للحفاظ علي مقامه ومقام مشيخة الأزهر. وأشار مرسي إلي أن الاستجوابات كان هدفها الضغط علي الحكومة لإصلاح الأوضاع في الأزهر ومعالجة العجز الكبير في ميزانياته ومواجهة التدخلات الأمريكية في شئونه أي أن الكتاب يسعى إلي دعم الأزهر عبر ممارسة حث الحكومة علي إصلاح أوضاعه المالية وإبعاده عن أي ضغوط خارجية.