هو شيخ الأزهر رقم 35، وهو أول وآخر مَن تولى مشيخة الأزهر من خارج مصر، فهو جزائرى الأصل، تونسى المولد والنشأة، ثم مصرى بالتجنس والإقامة، وُلد فى مدينة نفطةبتونس فى مثل هذا اليوم عام 1876، وأصل أسرته من الجزائر من عائلة العمرى من قرية طولقة وهى واحة من واحات الجنوب الجزائري. تخرج محمد الخضر الحسين فى جامع الزيتونة بتونس، وأصدر عام 1902 مجلة "السعادة العظمى" بهدف نشر محاسن الإسلام، ثم عُهد إليه بقضاء بنزرت والخطابة بجامعها الكبير عام 1905، لكنه لم يمكث فى عمله هذا طويلاً، فعاد إلى التدريس بجامع الزيتونة، وتولى تنظيم خزائن كتبه، ثم اختير للتدريس بالمدرسة الصادقية وكانت المدرسة الثانوية الوحيدة فى تونس. لما علا نجم الشيخ فى تونس، قام الاحتلال الفرنسى بالتضييق على الشيخ مما اضطره للانتقال إلى الشام ولم يمكث الشيخ فى الشام وفقط بل إن له العديد من الرحلات العلمية حيث زار ألمانيا واسطنبول وألبانيا وغيرها من البلاد العربية والأوروبية, وفى نهاية المطاف نزل الشيخ الخضر إلى مصر عام 1920، وعمل مصححًا بدار الكتب المصرية بتوسط أحمد تيمور باشا الذى عرف قدره، وكان الشيخ يُلقى دروس العلم فى المساجد ويكتب المقالات المتنوعة، من أبرز مواقف الخضر حسين هو اختلافه مع طه حسين عندما ألّف كتابه فى الشعر الجاهلى لِما بالكتاب من انحراف واتباع لأقوال المستشرقين من طعن فى القرآن، ثم تجنس بالمصرية، وتولى العديد من المناصب, ومنها رئاسة تحرير مجلة الأزهر, ورئاسة تحرير مجلة لواء الإسلام, وقد اختير عضوًا بمجمع اللغة العربية الملكى, واختير عضوًا بهيئة كبار العلماء, وتقدَّم لامتحان شهادة العالمية بالزهر، وعقدت له لجنة الامتحان برئاسة العلامة عبد المجيد اللبان مع جماعة من علماء الأزهر، وأعجبت به تلك اللجنة، وبلغ من إعجاب رئيسها بالطالب أن قال: "هذا بحٌر لا ساحل له، فكيف نقف معه فى حِجاج". حصل على عضوية هيئة كبار العلماء برسالته "القياس فى اللغة العربية سنة 1950، ثم اختير شيخًا للأزهر فى 16 سبتمبر 1952، ثم استقال من مشيخة الأزهر فى 7 يناير عام 1954 م (2 من جمادى الأولى 1373ه) احتجاجاً على إلغاء القضاء الشرعى ودمجه فى القضاء المدنى. له العديد من المؤلفات، منها: رسائل الإصلاح (فى ثلاثة أجزاء(، وديوان شعر "خواطر الحياة"، بلاغة القرآن، أديان العرب قبل الإسلام، تونس ..67 عامًا تحت الاحتلال الفرنساوى، حياة ابن خلدون ومثل من فلسفته الاجتماعية، دراسات فى العربية وتاريخها، الرحلات، الحرية فى الإسلام، الخيال فى الشعر العربى، آداب الحرب فى الإسلام، تعليقات على كتاب الموافقات للشاطبى، نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم، نقض كتاب فى الشعر الجاهلى. وتوفى رحمه الله فى فبراير 1958م.