مخالفات عديد وانتهاكات جسيمة تهدد نزاهة وحيادية العملية الانتخابية وتظهر دعم وتحيز بعض الجهات فى الدولة لصالح مرشح النظام السابق الفريق أحمد شفيق وسير العملية الانتخابية شهدتها عدة مدن بالقاهرة. ففى حلوان، قام أنصار المهندس سيد مشعل وزير الإنتاج الحربى وعضو مجلس الشعب الأسبق, بالتنسيق مع حملة الفريق أحمد شفيق بحشد وتجميع العمال والموظفين من عمال مصانع الإنتاج الحربى, فى أتوبيسات مكيفة, من أجل التصويت للفريق, تحت دعاوى أن الفريق شفيق سوف يصلح أحوالهم المعيشية ويزيد رواتبهم, وأن وصول الإخوان للحكم معناه تدهور أحوالهم, واضطهادهم لأنهم ينتمون للمصانع الحربية, الأمر الذى رفضه العديد من عمال المصانع الحربية, وأكدوا دعمهم للدكتور محمد مرسى مرشح حزب الحرية والعدالة. فى حين قامت قوات الأمن بإزالة اللافتات والدعاية الخاصة بالدكتور محمد مرسى فقط دون التعرض لدعاية الفريق شفيق, والجدير بالذكر أن كل اللجان فى حلون شهدت إقبالاً كثيفًا من الناخبين منذ فتح باب التصويت لبدء جولة الإعادة لانتخابات الرئاسية. أما فى المطرية، فقد فوجئ أحد الناخبين من ضابط الجيش المحالين على المعاش, عند الإدلاء بصوته بلجنة مدرسة الأنوار المحمدية بان اسمه غير مدرج ضمن كشوف الناخبين الأمر الذى جعله يتقدم بشكوى للجنة الانتخابية, التى رددت عليه بأن هناك مجموعة من الأسماء مستبعدين من ضباط الشرطة والجيش المحالين على المعاش وقام مندوب اللجنة بالاتصال هاتفياً بمصدر وثيق الصلة بالفريق أحمد شفيق للاستفسار عن سبب استبعاد ضباط الشرطة والجيش المحالين على المعاش من الكشوف الانتخابية، فرد عليه المصدر بأنهم أعطو أوامر باستبعاد ضباط الجيش والشرطة المحالين على المعاش من الكشوف الانتخابية بعلم الفريق أحمد شفيق وذلك حتى لا تكون هناك أى حجة بشأن أن ضباط الشرطة والجيش الموجودين بالخدمة أو خارجها ساهموا فى نجاح الفريق أحمد شفيق. وفى المعادى، منعت رئيسة لجنة بمدرسة المعادى الثانوية بنات مجموعة من الناخبين من الإدلاء بأصواتهم, بسبب حملهم لصور من بطاقاتهم الشخصية مما أدى إلى حدوث مشادات كلامية بين رئيسة اللجنة والناخبين بسبب إصرارهم على التصويت، مما أدى إلى توقف العملية الانتخابية حتى خروخ الناخبين من اللجنة.