أدان الاتحاد المصري للنقابات المستقلة ما وصفه بالتعسف ضد عمال شركة البورسعيدية ونقابتها المستقلة ، وطالب وزير القوي العاملة بالقيام بدوره بوقف التعسف علي عمال الشركة وكل عمال مصر، وحذر الاتحاد من خطر مثل هذه التصرفات التى وصفها بالغير المسئولة من قبل أصحاب الأعمال ورؤساء مجالس إدارة الشركات علي وضع مصر وعلاقاتها التجارية، خصوصاً وأن مصر عادت للقائمة السوداء، بسبب تصرفاتهم في سرقة حقوق العمال، والتعدي عليهم لمجرد استخدام العمال لحقهم في التنظيم والإضراب السلمي من أجل حقوقهم المشروعة، والذي تنص عليه كافة الاتفاقيات الدولية التي وقعت عليها مصر، وكذلك الدستور المصري. وأوضح الاتحاد أن إدارة شركة البورسعيدية، التابعة لهيئة قناة السويس، أنه سيتم التحقيق مع أمين عام النقابة وأحد أعضاء مجلس إدارتها وتهديدهم بالفصل , على خلفية أنه في يوم 14 مايو 2012 كانت الوقفة الاحتجاجية للعاملين بالشركة، وذلك للمطالبة بتطبيق لائحة الهيئة الخاصة بالحوافز , وعدم المساس بجهود العاملين في حالة التأخر لدقائق قليلة كما يحدث الآن، ومعاملتهم كما تعامل الهيئة بخصم وقت التأخير من الإضافي , واعتماد الرئيس المباشر للأجازات والذهاب للعيادة، وتطبيق لائحة لهيئة وقانون العمل فيما يخص ساعات العمل , والمساواة في المعاملة بين جميع قطاعات الشركة ؛ فما كان من رئيس مجلس إدارة الشركة إلا أن طبق عدد من القرارات التعسفية ضد أعضاء النقابة المستقلة، مثل أيقاف 2 عن العمل وتحويلهم للتحقيق، وتهديد المؤقتين منهم بعدم تجديد العقد وهم: محمد محمود أحمد حسنين الأمين العام للنقابة المستقلة , رشاد سعد محمد محمد نوير عضو مجلس إدارة النقابة المستقلة , كما قام بحرمان 5 من الحوافز، رغم أنهم يستحقونها والمهندس الذي يرأسهم كتب أنهم يستحقونها، وهم بالإضافة للعاملين المحالين للتحقيق : محمد عبد الله حسن , محمد السيد عبد الرحيم , محمد محمود حسنين . هذا وقد رفض المهندس سيد بخيت، رئيس مجلس إدارة الشركة الاعتراف بالنقابة المستقلة بالشركة وعدم تقديم التعاون اللازم لها لمباشرة أعمالها مع عمال الشركة علي الرغم من مساندته لأعضاء وممثلي النقابة القديمة، وذلك علي الرغم من استصدار خطاب معتمد من الدكتور فتحي فكري وزير القوي العاملة والهجرة يفيد بأن النقابة المستقلة هي نقابة شرعية شأنها في ذلك شأن النقابة القديمة ولها كافة الحقوق والواجبات من النواحي الإدارية والقانوينة والمالية غير أن المهندس رئيس مجلس الإدارة قام بإرجاء كل ذلك بحجة انتظار اصدار تشريع من مجلس الشعب بشأن لنقابات المستقلة. وذلك رغم أنضمام 80% من العمال للنقابة، إلا أنه أوقف انتخابات النقابة بحسب الاتحاد .