يواجه معتقلو سجن الوادي الجديد، انتهاكات حقوقية وإنسانية عدة، من قبل مسئولي الأمن عن السجن، وصلت لحد إخفاء ملفاتهم، وفق منظمة حقوقية. وقالت التنسيقية المصرية للحقوق والحريات، في بيان تلقت "المصريون" نسخة منه، إن "أهالي معتقلي الوادي الجديد يحملون إدارة السجن ومصلحة السجون والداخلية المسئولية الكاملة عن سلامة ذويهم". وبحسب التنسيقية، طالب الأهالي، بإدخال ملابس شتوية وبطاطين لهم، كما طالبوا بإدخال كافة المواد الغذائية التي يأتون بها في الزيارة خصوصا بعد منع التعيين اليومي. وجاء نص رسالة المعتقلين: السلام عليكم ورحمة الله وبركاته أما بعد فإنا ننقل لكم أخبار ما يحدث في معتقل الوادي تلك الأيام أولًا:: تم إخفاء ملفات الكثير من المعتقلين السياسيين من داخل المعتقل ثانيًا: تم منع التعيين اليومي عن المعتقلين السياسيين بحجة ( أن مصر مفهاش فلوس تصرف عليكم) ثالثًا: يتم التعنت الشديد ناحية الأقارب المعتقلين معا حيث يمنع الأب من رؤية ابنه والأخ من رؤية أخيه رغم أن كلاهما معتقل في نفس السجن ويمنع خروجها معا في وقت التريض رابعًا: تم تقليل مدة التريض إلى دقائق معدودة يسمح بها أو لا يسمح الظابط المسئول حسب مزاجه اليومي خامسًا: الغلاء الشديد في اسعار الكانتين السياسيين فقط فمثلا سعر كيس السكر يتعدى ال 15ج والمجمدات باهظة الثمن في ظل منع التعيين اليومي سادسًا: منع دخول الملابس الشتوية أو الكوفرتات أو البطاطين بالرغم من برودة الجو الشديد ليلا في المعتقل سابعًا: تعرض الأهالي للإهانة والسب بالإضافة إلى التعنت الشديد في تفتيش زيارة السياسيين عكس زيارة الجنائيين تماما ثامنًا: تفتيش الغرف وحرق الكتب والمصاحف وملابس المعتقلين وسكب أي أغذية على الأرض والتعدي بالضرب على أي معتقل يتفوه بكلمة وأخذه إلى التأديب والحبس الانفرادي هذا بعض مما نتعرض له نحن معتقلي الوادي الجديد والسلام عليكم ورحمة الله وبركاته.