وافق مجلس جامعة بني سويف برئاسة د. أمين لطفي، على إنشاء معهدين الأول المعهد القومي لحقوق الإنسان ودراسات السلام والثاني معهد أبحاث أمراض الحيوانات والدواجن بالمدينة البحثية بشرق النيل. يمنح معهد حقوق الإنسان درجة الماجستير بعد دراسة تمهيدية في العلوم القانونية لغير خريجي كليات الحقوق وأيضًا منح درجة الدكتوراه في ذات المجال ويقبل خريجي الجامعات المصرية أو ما يعادلها من الجامعات العربية والأجنبية ولا يشترط أن يكون الدارس من خريجي كليات الحقوق فقط مع موافقة المجلس على تشكيل لجنة لإعداد اللائحة الداخلية للمعهد . ويهدف معهد أبحاث أمراض الحيوانات والدواجن تأهيل خريجي كليات الطب البيطري والزراعة والعلوم وإكسابهم المهارات الأساسية لإدارة مزارع الدواجن ومزارع الألبان ومزارع التسمين بما يتناسب مع أحدث متطلبات سوق العمل وتعزيز التخصصات المشتركة بين تلك الكليات فضلا عن الاهتمام بأبحاث تحسين الإنتاج والأمصال واللقاحات التي تساهم في مقاومة أمراض الدواجن، علاوة على الاهتمام بأبحاث حيوانات التجارب لخدمة الأبحاث العلمية وتحسين إجراءات نقل الأعضاء وزرع الأنسجة ويضم 3 أقسام: قسم إدارة أبحاث مزارع الدواجن وقسم إدارة أبحاث أمراض حيوانات المزارع وقسم خاص بأبحاث حيوانات التجارب والجراحة التجريدية . جدير بالذكر أن المدينة البحثية تضم العديد من المعاهد المتميزة من أهمها معهد الليزر وتطبيقاته ومعهد النباتات الطبية والعطرية ومعهد أبحاث الخلايا الجزعية .