انتقدت جماعة الإخوان المسلمين وسائل الإعلام والصحف التي «تدعي» أن حادث كنيسة الوراق هو مخطط إخواني لنشر الإرهاب والفوضى، مشيرة إلى أنها ترد على من يقول ذلك بما جاء على لسان كاهن الكنيسة الذي أكد أن «من بين المصابين في الحادث 3 أشخاص من أعضاء الإخوان جاءوا لتهنئة إخوانهم الأقباط بالزفاف فاختلط دماؤهم بدمائهم»، ولم يذكر البيان أسماء المصابين ولا مزيد من التفاصيل عنهم. وقالت الجماعة في بيان لها، الجمعة: «نزل علينا خبر العدوان الإرهابي على رواد كنيسة العذراء بالوراق وهم يحضرون حفل زفاف نزول المصيبة، خصوصا وقد قتل فيه 4 مواطنين وجرح 18 مواطنا آخرون». وأضاف البيان: «أصدرنا بيانا يدين الحادث الإجرامي ويواسي أسر الضحايا ويتمنى الشفاء للمصابين ويحمل أجهزة الأمن مسؤولية التقصير عن حماية المواطنين، وانشغالها بملاحقة المتظاهرين السلميين، إلا أننا فوجئنا بأجهزة الإعلام والصحف تدعي أن ما حدث إنما هو مخطط إخواني لنشر الإرهاب والفوضى في البلاد وتنسب هذا الكلام أيضا لعدد من رؤساء الأحزاب والسياسيين». واستدركت الجماعة في بيانها: «ورغم أن هذا الكلام يتناقض مع منهج الإخوان الإسلامي السلمي الذي يرفض ويجرم إراقة قطرة دم واحدة فضلا عن إزهاق روح بريئة بحكم الدين والإنسانية والقانون، إلا أننا لن نعتمد على ذلك وإنما سنعتمد على شهادة كاهن كنيسة العذراء نفسها وعلى الواقع، فقد أكد كاهن الكنيسة أن من بين المصابين في الحادث 3 أشخاص من أعضاء جماعة الإخوان جاءوا لتهنئة إخوانهم الأقباط بالزفاف فاختلط دماؤهم بدمائهم». وكان مسلحان ملثمان قد هاجما عدد من الأشخاص أثناء خروجهم من حفل زفاف بكنيسة العذراء بالوراق، مما أدى لمقتل 4 أشخاص بينهم طفلة، وإصابة 18 آخرين حينها، بحسب إحصائيات رسمية، إلا أن عدد القتلى ارتفع إلى 5 بعد وفاة أحد المصابين، الخميس.