تسببت الشهرة الكبيرة لمسجد محمد على باشا، بقلعة صلاح الدين الأيوبى، فى تسمية القلعة نفسها بقلعة محمد على باشا. والمسجد نفسه يسميه البعض «جامع المرمر»، وهو رخام نادر، غُطى به جدرانه من الداخل. وذكر باسكال كوست، المعمارى الفرنسى الشهير، فى مذكراته، أن محمد على باشا، ما إن أتم إصلاح قلعة صلاح الدين الأيوبى، حتى طلب منه تصميم جامع بالقلعة سنة 1820، لأداء الفرائض وليكون به مدفنه. لكن المشروع توقف، ولم يبدأ تنفيذه إلا سنة 1830، على أيدى معمارى آخر، التركى يوسف بوشناق، الذى صممه على غرار جامع السلطان أحمد بالأستانة، مع تغييرات طفيفة. شرع محمد على فى إنشاء جامعه سنة 1246 هجرية، 1830، على أطلال أبنية قديمة تعود لعصور المماليك، وتم بناؤه فى سنة 1265 هجرية 1848، وفى عهد عباس باشا الأول تمت نقوشه وزخارفه. والمسجد مخطط بشكل مربع، طول ضلعه 41 متراً. تغطيه فى الوسط قبة كبيرة، قطرها 21 متراً، وارتفاعها 52 متراً. محمولة على أربعة عقود كبيرة، مرتكزة بدورها على أربعة أكتاف ضخمة. وحول هذه القبة أربعة أنصاف قباب، فى كل جهة نصف قبة. وتغطى أركان المسجد أربع قباب صغيرة، فضلاً عن نصف قبة أخرى، تغطى بروز القبلة الناتئ شرقى المسجد. ويكسو جدرانه من الداخل والأكتاف الأربعة، بارتفاع 11.30 متر، رخام الأبسر، المرمر الفاخر، الذى تم إحضاره خصيصاً من محاجر بنى سويف، وكذلك الأكتاف الأربعة الداخلية الحاملة للقبة، تعلوها نقوش ملونة، ببياض حلى بنقوش مذهبة. وتحلى القباب وأنصاف القبب، زخارف بارزة، منقوشة ومذهبة. فى الجهة الغربية من المسجد، تقوم دكة المبلغ، محملة على أعمدة وعقود من المرمر، وصُنع درابزينها، ودرابزينات ممرات القباب، من البرونز المشغول. وفى الركن الغربى القبلى منه، يقع قبر محمد على الكبير، تعلوه تركيبة رخامية مدقوق بها زخارف وكتابات جميلة، ويحيط به مقصورة من البرونز المشغول بشكل بديع، أمر بصنعها عباس باشا الأول. القسم الثانى وهو الصحن تتوسطه فسقية الوضوء، وبمؤخرة برج الساعة التى أهداها إلى محمد على لويس فيليب ملك فرنسا سنة 1845. وللمسجد منارتان رشيقتان بارتفاع 84 متراً عن مستوى أرضية الصحن. والمنبر الأصلى للمسجد، يسمى «المنبر الكبير»، صنع من الخشب المحلى بزخارف مذهبة، فضلاً عن منبر مرمرى صغير يسار المحراب، أمر بصنعه الملك فاروق، سنة 1358 هجرية 1939. ويضاء المسجد بالثريات البلورية الجميلة، تحيط بها مشكاوات زجاجية نسقت بأشكال بديعة. ويقوم على طرفى الجنب الغربى للمسجد منارتان رشيقتان، أسطوانيتا الشكل، بنيتا أيضاً على طراز المآذن التركية، وارتفاع كل منهما 82 متراً من الأرض. للمسجد ثلاثة أبواب، أحدها فى منتصف الجانب البحرى، والثانى يقابله فى منتصف الجنب القبلى، والثالث فى منتصف الجنب الغربى. ويؤدى إلى صحن متسع، مساحته 53 فى 53 متراً، تغلف جدرانه كسوة من المرمر، ويحيط به أربعة أروقة عقودها وأعمدتها من المرمر أيضاً. وبوسطه مكان الوضوء، وهو عبارة عن قبة محمولة على ثمانية أعمدة، لها رفرف محلى بزخارف بارزة مذهبة. وباطن القبة محلى بنقوش ملونة ومذهبة، تمثل مناظر طبيعية. والقبة ذاتها مكسوة، كسائر قباب المسجد، بألواح من الرصاص، وبأسفلها صهريج المياه، وهو مثمن تغطيه قبة، صنعت من المرمر المدقوق بزخارف بارزة. وأعلى منتصف الرواق الغربى للصحن، برج من النحاس المزخرف، بداخله ساعة دقاقة، أهداها ملك فرنسا لويس فيليب إلى محمد على باشا سنة 1845.
