يرقد خلال دقائق قداسة المتنيح الأنبا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكنيسة الأرثوذكسية فى مدفن خاص به وسيحمل اسمه بدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، حيث سيتم وضع الصندوق فى مكان خاص محاط بالرخام وتوضع قطعة الرخام بطلاء خاص حتى لا تخرج أى روائح من المدفن، ثم يتم وضع كسوة خاصة عليها صورة للبابا شنودة لتلتف حول الصندوق الأبيض المصنوع من خشب الأبانوس، ومرسوم علية صورة السيد المسيح، ومكتوب عليه اسم قداسة البابا وتاريخ رسامته فى 14 نوفمبر 1971، وهو إهداء من الأنبا برنابا أسقف الكنيسة القبطية فى روما. وتقرر أن يوضح الصندوق مباشرة فى المكان المعد له نظرًا للزحام الشديد الذى أصبح عليه دير الأنبا بيشوى، ليحتفل الأقباط بذكرى نياحة الأنبا شنودة فى 17 مارس من كل عام، وسيتم كتابة تمجيد خاص بقداسة البابا المتنيح ووضعه فى المكان كى يتلوه كل من يزور المزار خلال الفترة المقبلة.