زعمت صحيفة هاآرتس الإسرائيلية، أن قرار خالد مشعل بعدم الترشح من جديد على منصب رئيس المكتب السياسى لحماس، جاء على خلفية حرب خفية بين قيادة حماس فى غزة ونظيرتها فى دمشق، التى نشبت بعد الخلاف بين حماس من جانب وإيران وسوريا من جانب آخر، حيث تأكد مشعل أن قيادة حماس فى غزة تدرس عدم ترشيحه مرة أخرى، فقرر أن يتخذ هذا القرار بنفسه. وأشارت الصحيفة إلى أن هذه الخطوة من قبل مشعل تعد وسيلة للضغط على قيادة حماس بغزة، التى تحاول أن تعزز صلاحياتها فى اتخاذ القرار رداً على قرارات مشعل بتغيير عدد من القيادات. وأوضحت الصحيفة، أن عدداً من نقاط الخلاف بين قيادتى حماس فى غزةودمشق ظهرت فى الآونة الأخيرة حول عدد من القضايا، منها موقف الحركة من العلاقات مع إسرائيل، والمصالحة "الفلسطينية – الفلسطينية"، وأسلوب السعى لإعلان قيام الدولة الفلسطينية، والموقف من سوريا وإيران. وأكملت هاآرتس الإسرائيلية، ربما أرادت قيادة حماس بغزة أن تثبت للقياديين الذين تركوا دمشق فى الآونة الأخيرة أنه لا يجب تجاهلهم فى اتخاذ أى خطوة، وهو الموقف الذى اتخذته القيادة فى غزة بعد أن حاول مشعل تغيير إستراتيجية النضال لحركة حماس، حتي يتمكن من التوصل لاتفاق المصالحة مع فتح، فى حين أن إسماعيل هنية كان ينتظر العودة إليه قبل اتخاذ هذا القرار، لاسيما أنه كان يرغب فى إشراك حركة الجهاد الفلسطينى بالمصالحة، ومع كل هذه الخلافات لم يحدد قائد الجناح العسكرى لحركة حماس أحمد جعفرى موقفه وإلى أى القيادتين سينتمى.