تشهد لجنة الخمسين لإعداد الدستور العديد من الازمات والخلافات الظاهرة والمكتومة بين اعضائها حول العديد من المواد التى يتم اعدادها فيما أكدت بعض المصادر ان أعمال اللجنة يغلب على طابعها الديكتاتورية واستخدام عبارات مطاطة لاحتواء الازمات ومنها - على سبيل المثال لا الحصر - "علينا الابتعاد عن الخلافات فى الوقت الراهن حتى يخرج الدستور"، و"علينا تغليب مصلحة الوطن فوق كل اعتبار". وأكدت المصادر انه لايوجد توافق كما يردد البعض داخل لجنة الخمسين واجتماعاتها المغلقة والسرية، وأن هناك بركانا من الغضب بين اعضائها ومن بينهم الاعضاء الاحتياطيون وايضا العديد من الاعضاء الاساسيين. ودللت تلك المصادر بفشل الاجتماع الثانى لرئيس لجنة الخمسين، عمرو موسى، مع ممثلى حزب النور والأزهر للتوافق حول تفسير لكلمة مبادئ الشريعة الإسلامية يكون بديلا للمادة 219 التى كانت بدستور 2012 والمرفوضة من أعضاء لجنة الخمسين. فيما أكد صلاح عبد المعبود ممثل النور بالخمسين، أن الخلاف ينحصر فى أن لجنة الخمسين ترى الاكتفاء بتفسير المحكمة الدستورية لمبادئ الشريعة الإسلامية التى تقوم على أنها هى الأحكام قطعية الثبوت والدلالة، فى حين أن حزب النور يحاول الوصول إلى تجمع بين الأحاديث قطعية الدلالة والإجماع وتفسير المحكمة الدستورية وتابع قائلا إن الأزهر يقوم بدور تقريب وجهات النظر بين الطرفين. وحول عمق الخلافات كان عمرو موسى قد عقد اجتماعين اليوم لحسم الخلاف حول المادة 219 بالدستور، وحضر الاجتماعين كل من: الدكتور يونس مخيون رئيس حزب النور، وممثلا الحزب بالخمسين والمهندس عبد المنعم الشحات والدكتور عمرو الشوبكى مقرر لجنة نظام الحكم، والدكتور جابر نصار مقرر لجنة الخمسين، واستمر الاجتماعين ما يقرب من 6 ساعات. وأشارت تلك المصادر ايضا الى عمق الخلافات داخل لجنة الخمسين لتعديل الدستور، وذلك بعد أن قررت لمواجهة الخلافات ضم المادة الخاصة بحرية الاعتقاد وممارسة الشعائر، للمواد الخلافية التى ستحسم داخل اللجنة المصغرة لوضع صياغة توافقية لها. جاء ذلك بعد إصرار ممثلى الأزهر على قصر ممارسه الشعائر الدينية على أصحاب الديانات السماوية، بينما يطالب أعضاء آخرون بعدم قصرها عليهم. وكانت المادة قد أجرى عليها تصويتا مبدئيا، صوت فيها الأعضاء لصالح النص بأن"حرية الاعتقاد مطلقة وحرية ممارسة الشعائر لأصحاب الديانات السماوية حق ينظمه القانون"، بإجمالى 26 صوتا مقابل رفض 14.