تحفظ الدكتور أحمد الطيب على نص المادة الثالثة بالدستور والتى نصها "احتكام غير المسلمين لشرائعهم" مطالباً بأن تكون ممارسة الشعائر وبناء دور العبادة والتشريع قاصرة فقط على أصحاب الديانات السماوية وان إطلاق أصحاب الديانات الأخرى والتى قد تشمل اصحاب الديانات الوضعية، أمر لا تعرفه مصر. جاء ذلك خلال زيارة قام بها وفد من لجنة ال50 برئاسة رئيس اللجنة عمرو موسى وعبدالجليل مصطفى والدكتور محمد أبو الغار لمكتب شيخ الأزهر اليوم. وقالت مصادر إن اعتراض الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر لم يأت كتقييد لحرية الاعتقاد وانما لأن الأزهر ينفذ تعاليم الإسلام فى التأكيد على حرية الاعتقاد . وأشارت المصادر الى أن "الطيب" احال اأمر فى كل ما يتعلق بالدستور إلى ممثلى الازهر فى الجمعية ،مؤكدا أنه لا يتدخل من قريب أو بعيد فى أعمال اللجنة، موضحة أن اللقاء كان وديا ويناقش المسائل الدستورية بشكل عام.