أعلن عدد من أعضاء حزب المصريين الأحرار أمانة الأقصر استقالاتهم عن الحزب خلال الأسبوع بشكل جماعي، وذلك احتجاجا على سياسية الحزب التي وصفوها بأنها مركزية. وأضافوا خلال بيان صحفي صادر عنهم أن سبب الاستقالة الجماعية هو تناقص شعبية الحزب في الشارع المصري وعلى أرض الواقع، والاقتصار علي مؤتمرات صحفية تضم الصفوة والنخبة، فضلا عن مركزية العمل الحزبي والديكتاتورية الكاملة في إدارة الحزب مركزيا. ولم تعد هذه الاستقالة هي الأولى لأعضاء حزب المصريين الأحرار، فالاستقالات تلاحق الحزب منذ اليوم تأسيسه في أبريل 2011 وكان من أبرز المستقلين المخرج خالد يوسف والنائب البرلماني السابق محمد أبو حامد. وكانت أولى حالات الاستقالات الجماعية التي شهدها الحزب في يونيو 2011 حيث تقدم 31 عضو من أمانة الحزب بمحافظة الدقهلية باستقالاتهم احتجاجا علي ضم أعضاء وقيادات الحزب الوطني المنحل. كما تقدم العشرات من أعضاء الحزب أمانة الإسماعيلية باستقالتهم عقب قيام المهندس نجيب ساويرس بنشر صورة ميكي ماوس في وقاعة اعتبرها أعضاء الحزب واقعة ازدراء الدين الإسلامي، حيث اعتذر ساويرس عنه يعد ذلك. وقال الحزب في بيان له أندلك ان الحزب يعطي أعضاؤه حرية التعبير عن آرائهم والتي لا تعبر عن راي الحزب بالضرورة . وكان من أبرز المنسحبين من حزب المصريين الأحرار، النائب البرلماني السابق محمد أبو حامد الذي كان يشغل منصب نائب رئيس الحزب ورئيس الهيئة البرلمانية للحزب، حيث كتب علي صفحته عبر موقع التواصل الاجتماعي توتير " تقدمت اليوم باستقالتي من حزب المصريين الاحرار وذلك لرغبتي في البدء بمشروعي الخاص لخدمة الوطن". ثم انتشرت الأقاويل بعد ذلك عن وجود خلافات بين المهندس نجيب ساويرس وبين النائب البرلماني وهو ما دفعه إلى تقديم استقالته وعلق الحزب علي هذه الواقعة قائلا إن الحزب رفض الطريقة التي قدم بها النائب البرلماني استقالته حيث أرسلها عبر البريد الالكتروني عقب نشرها في كافة وسائل الإعلام، ولكن الحزب لم يعلم عنها شيئا، مضيفين أن الحزب لن يقف على شخص. ويعد المخرج خالد يوسف من أبرز المستقلين من حزب المصريين الأحرار بعد أن قام بجمع التوكيلات لتأسيس الحزب في 3 أبريل 2011 لينضم بعد ذلك إلى التيار الشعبي الذي أسسه المرشح الرئاسي الخاسر حمدين صباحي . وكذلك استقالت الكاتبة مارجريت عازر الأمين العام لحزب المصريين الأحرار السابق، استقالتها جاءت بسبب الأداء السياسي للحزب، وانفصال الشعارات التي يرددها الحزب عن أرض الواقع مضيفة في تصريحات لها أنذاك أن التجربة الحزبية في مصر تحتاج إلى العمل الجاد مضيفة أن الأحزاب تتوفى بالشعرات التي ترفعها ولا تنفذها. واستقال أيضا المهندس أحمد إبراهيم عواجة المستشار الهندسي لشركة مطاحن مصر العليا عضو الهيئة العليا لحزب المصريين، والذي أعلن انضمامه لحزب البناء والتنمية الذي يرأسه طارق الزمر.