شكوك حول تولي أحد القيادات الوسيطة غير المعروفة إدارة الجماعة المحظورة تخلت عن الإدارة المركزية وتعتمد على المكاتب الإدارية بالمحافظات من خلال 60 موقعًا بعد ثورة 30 يونيو واجهت جماعة الإخوان المحظورة حملة شعبية شرسة أجبرتها على إغلاق كل مقارها المركزية في العاصمة وقام الأهالي بمطاردة عناصر وقيادات الجماعة المحظورة مما أجبرهم علي التخلي عن كل المقار التي أحرقها الأهالي الناقمون علي حكم الإخوان شفاءً لغضبهم جراء حكم مرسي وعشيرته، ولاحقت الأجهزة الأمنية عددا كبيرا من قيادات التنظيم المحظور نظرا لتورطهم في أعمال عنف وقتل ما اضطر الجماعة الى اللجوء لخطة بديلة لإدارة التنظيم المتهالك من خلال عدد من قيادات الجماعة خارج السجون والاعتماد بشكل كامل على المكاتب الإدارية في المحافظات . تعمل جماعة المحظورة بشكل هرمي مسلسل حيث ينقسم التنظيم الي عدد من المكاتب الإدارية المنتشرة في كل محافظات الجمهورية والبالغ عددها نحو 60 مكتبًا يديرها عدد من قيادات الصف الثاني المغمورين داخل التنظيم لهم مناصب تنفيذية ويتخللها عدد من الشعب والأسر الصغيرة، وبعد ثورة 30 يونيو انقطعت الصلة بين الإدارة المركزية التي يمثلها مكتب الإرشاد في المقطم الذي يضم 16 عضوًا بينما تعمل المكاتب الإدارية والشعب في كل المحافظات بشكل منتظم وتتلقى التعليمات من خلال قيادات الجماعة الذين لم يتم القبض عليهم داخل مصر والهاربون خارجها . وفى حوار لشقيق المعزول محمد مرسى مع الباحث الأمريكي ايرك تريجر المح الى وجود مرشد خفي تم مبايعته بعد سجن بديع وهذا المرشد يعمل على حشد الأنصار كل جمعة حتى لا تصاب عناصر المحظورة باليأس والاحباط بعد الضربات الامنية الناجحة والتي قامت بالقبض على كل القيادات العليا للتنظيم وهو ما يعنى أن هناك من يدير الجزء الإداري والتنظيمي ويقف وراء اشتعال الجماعات ولكنه من القيادات الوسيطة غير المعروفة. والظاهر حتى الآن أن الجماعة أسندت بعد 30 يونيو مهمة التفاوض إلى الدكتور محمد علي بشر القيادي الإخواني وزير التنمية السابق وعضو محلس شوري الإخوان، الذي لم يغمض جفنه لبرهة منذ عزل مرسي، يقود التحالفات ويلتقي وسطاء ممثلين عن كل التيارات الاسلامية والسياسية من أجل الوصول الي حل لأزمة الجماعة الحالية بشكل يضمن بقاء الإخوان في الشارع السياسي، يقاتل من أجل إنقاذ ما تبقي من فكرة حسن البنا، تعتمد عليه الجماعة باعتباره مفاوضًا قديمًا منذ فترة حكم الرئيس الأسبق حسنى مبارك، يعرف كل تاريخ جماعته في سنوات المحن، بشر يجيد التعامل مع وسائل الإعلام، إلا أنه لا يحب الظهور إعلاميًا، ويفضل العمل في صمت. يساعده في مهمته الدكتور عمرو دراج وزير التخطيط والتعاون الدولي في حكومة هشام قنديل وعضو المكتب التنفيذي لحزب الحرية والعدالة والقيادي، مثله كصديقة بشر يجيد التفاوض والتعامل مع وسائل الإعلام، وكان من أكثر قيادات الخوان ظهورًا بنقد الجماعة وحزبها وحكومتها . الرجل الأهم في تلك المرحلة بالنسبة لتنظيم الإخوان هو محمود عزت، مرشد الجماعة الجديد، وفقا للائحة التي يعمل بها مكتب الإرشاد "ثعلب الإخوان" العقل المدبر لكل أعمال العنف التي وقعت منذ أن تولى الإخوان حكم مصر حتي الان وهو صاحب قرار فض اعتصام الاتحادية وما نتج عنه من أعمال عنف جراء اشتباكات وقعت بين الإخوان والمتظاهرين، الذي هرب يوم 5 يوليو بجواز سفر مزور إلى قطر ومنها الى تركيا حيث حضر هناك اجتماعات التنظيم الدولي للإخوان ويمثل حلقة الوصل بين الجماعة في مصر وخارجها وعقد عدد من الاجتماعات مع قيادات الإخوان في مصر من خلا أجهزة "الفيديو كونفرنس" . ويتولى الدكتور محمود حسين الامين العام لجماعة الإخوان المحظورة مسئولية إعادة هيكلة الجماعة داخل مصر من اجل استيعاب الحركات الشبابية التي خرجت جراء الأزمة، ووضع إطار منهجي للجماعة فيما بعد سقوط مرسي بهدف إحياء التنظيم المتفاني، غادر القاهرة علي قوائم العمرة متجها الي المملكة العربية السعودية ومنها العاصمة التركية اسطنبول حيث اجتمع برئيس الوزراء التركي رجب طيب أر دوغان وعقد عدة اجتماعات مع قيادات التنظيم الدولي، تواجده خارج القاهرة ولا سيما بالقرب من قيادات التنظيم الدولي جعل له الدور الاكبر بين قيادات جماعة الاخوان المحظورة للتحرك بشكل حر بعيدا عن الملاحقة الامنية التي تتربص بالقيادات في القاهرة. الدكتور عبدالرحمن البر هو مفتي جماعة الإخوان المحظورة، وصاحب العمامة الأزهرية التي لم تمنعه عن إثارة الفتنة لخدمة مصالح جماعته، يقوم البر بدور خاص في اجتماعات قسم الطلبة حيث يجتمع مع ممثلي القسم بشكل دوري لوضع خطة تظاهرات الجامعات وما يحدث بها يوميا من أعمال شغب وتخريب ومعه الدكتور محمد وهدان مسئول قسم التربية داخل الجماعة وعدد من أساتذة الجامعة المنتمين للتنظيم المحظور وهو مطلوب لدى العدالة بتهمة التحريض على اقتحام قسم الأزبكية والاشتباكات التي وقعت بميدان رمسيس.