يبدو أن زلزال قانون القيمة المضافة لن يقتصر على النقاشات البرلمانية التي انتهت إلى تمريره، ولا على الجدل الإعلامي ولا الشعبى، فالقانون أفرز خلافات داخل الأحزاب أسفرت عن عديد من الاستقالات. وذكرت مصادر داخل حزب الوفد، أن مشادات جرت بين كل من ياسر حسان ومحمد فؤاد ويوسف إبراهيم قيادات الحزب من جهة، وعدد من أعضاء الهيئة البرلمانية للحزب والهيئة العليا من جهة أخرى، بسبب موافقة الهيئة البرلمانية على القانون في الوقت الذي لم يعرض القانون على أعضاء بيت الخبرة. وقرر الدكتور ياسر حسان، مقرر لجنة الإعلام بالحزب، تقديم استقالته من منصبه كعضو بالهيئة الاستشارية لبيت الخبرة البرلمانى. وأكد حسان أن استقالته جاءت على خلفية تهميش دور بيت الخبرة البرلمانى من قبل أعضاء الهيئة البرلمانية لحزب الوفد، بعد أن قرروا الموافقة على القانون، دون الرجوع للهيئة البرلمانية ولا لبيت الخبرة ولا لأى مؤسسة في الحزب وبدون أي تحفظات فنية على القانون، مضيفًا أنه سبق أن أعد الرد على بيان الحكومة وتحفظ فيه على قانون القيمة المضافة، وأنه ترأس لجنة الرد على موازنة الحكومة بمشاركة النائب محمد فؤاد. وكشفت مصادر داخل حزب مستقبل وطن، عن وجود أزمة بين قيادات الحزب وعدد من أعضاء الهيئة البرلمانية، على رأسهم هشام عبدالواحد، عضو مجلس النواب، بسبب الموافقة على قانون القيمة المضافة، بالرغم من وجود اتفاق مسبق داخل الهيئة العليا، على تأجيل القانون. وأوضحت المصادر، أن الأسباب التي كان متفقًا عليها لتأجيل القانون، تمثلت في أن الظروف الاقتصادية الراهنة لا تسمح بإضافة أعباء ضريبية جديدة على المواطنين، وأن القانون المقدم من الحكومة ليست له دراسة اقتصادية وافية حول تأثيره على الأسعار، إضافة إلى الاتفاق مع قيادات الحزب، على ضرورة عرض القانون قبل مناقشته بالبرلمان، لحوار مجتمعى من أجل معرفة تأثيره وهو ما لم تلتزم به الهيئة العليا، وكذلك اختلاف الحزب على تقدير قيمة الضريبة، وإعداد مذكرة تشمل ملاحظات حولها ومتطلبات الجهاز الإدارى لتنفيذها. واعترض نواب داخل «المصريين الأحرار» على القانون، وأعلن رياض عبدالستار، عضو مجلس النواب أنه سيتقدم ببيان عاجل إلى رئيس الوزراء، بسبب قانون القيمة، مشددًا على أن توقيت تطبيق القانون خاطئ.