تؤمن الكنيسة الإنجيلية المشيخية، بأن المعمودية هي فريضة لكنيسة العهد الجديد، ولذلك لا يجوز أن يقوم بممارستها إلا القسيس المرتسم، والمعمودية ختم العهد الجديد، ولهذا فهي تمارس للذين يعترفون بإيمانهم اعترافًا موثوقًا به لأولادهم، وتمارس المعمودية باستعمال الماء إما برشه على المعمد، أو بسكبه عليه، أو بتغطيسه فيه. كما تفرض المعمودية التزامات مقدسة من جهة الوالدين، ومن جهة الذين تمارس لهم، ويجب أن يعترف بهذه الالتزامات بواسطة الإجابة بالإيجاب على الأسئلة المذكورة والوالدون أو أولياء الأمور يقدمون أولادهم عليهم أن يجيبوا على الأسئلة التالية: هل تجدد ما اعترفت به يوم قبولك في عضوية الكنيسة؟ هل تعد أن تربي أولادك تربية مسيحية في تأديب الرب وإنذاره؟ وأن تعلمهم الحقائق الإنجيلية عن الخلاص؟ وتصلي معهم ولأجلهم؟ وتعبد الله في عائلتك بمواظبة وانتظام؟، وأن تكون أمامهم مثالا للتقوى في القول، والسلوك، وأن تستعمل كل الوسائط المعينة لخلاصهم؟ بينما البالغون غير المعمدين، بعد ما يقبلهم مجلس الكنيسة ، يعمدونهم بناء على الاعتراف الجهاري بإيمانهم بالمسيح وطاعتهم له ويمكن استعمال صورة السؤال الخاص بالقبول العلني لأعضاء الكنيسة وهو: هل تعترف بإيمانك بالمسيح وعزمك على أن تعيش عيشة مسيحية؟ وتجاهر بتعهدك أن تربي روح الشركة المسيحية، والمحبة الأخوية؟ وأن تلمس خير هذه الكنيسة ما دمت عضوًا فيها؟. ويجوز عماد أبناء المسيحيين المنتسبين للكنيسة الإنجيلية المشيخية وفي هذه الحالة يستبدل السؤال الأول بالسؤال الآتي: هل تعترف أمام هذه الكنيسة بإيمانك بالمسيح. وعزمك على أن تعيش عيشة مسيحية، وتجاهر بتعهدك أن تربي روح الشركة المسيحية، والمحبة الأخوية؟. وبعد شرح الفريضة شرحًا مناسبًا وبعد أن يتعهد الوالدون، تقدم صلاة يطلب فيها حضور الله في ممارسة الفريضة. ثم ينطق القسيس باسم الطفل ويرش بالماء على رأسه قائلا: "أعمدك باسم الآب والابن والروح القدس، آمين". ثم يختم الخدمة بالصلاة، ويتبع ذات الترتيب في معمودية البالغين. وتمارس فريضة المعمودية في الكنيسة أو في مكان اجتماع مقرر، مقترنة بخدمة جمهورية، وإذا مورست في أي مكان أخر يجب أن تكون بمصادقة المجلس، ولأسباب قهرية جدًا، وأن تقترن بممارسة دينية.