نعى رئيس الجمهورية الدكتور"محمد مرسي"، الأطفال الصغار الذين لقوا حتفهم في حادث قطار أسيوط، قائلا: "تابعت وبكل الآسي والحزن منذ الصباح الباكر ما وقع صباح اليوم من حادث اليم". كما وأعلن مرسي قبول استقالة وزير النقل ورئيس هيئة السكة الحديد،و تحويل كافة المسئولين إلى النيابة العامة للتحقيق وسرعة الانجاز في التحقيقات لمعرفة المتسبب في هذا الحادث الأليم، واتخاذ كافة الإجراءات من جميع الجهات التنفيذية المعنية لتعويض أسر الضحايا والمصابين وتذليل كافة العقبات لهم. كما وأضاف في تغريدة له عبر حسابه الخاص بموقع التواصل الاجتماعي "تويتر": "بالأصالة عن نفسي وبالنيابة عن الشعب المصري كله أتقدم بخالص العزاء والمواساة لأسر وأبناء الضحايا والمصابين في هذا الحادث الأليم".