تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات علي نتائج أعمال الشركة العامة للصوامع والتخزين خلال العام المالي 2005 - 2006 كشف عددا من الملاحظات المهمة. يتضمن بند الأراضي بعض المساحات المنزوعة للمنفعة العامة دون الحصول علي التعويضات المستحقة او استبعاد قيمتها من الاصول. لم يتم اتخاذ الاجراءات اللازمة لتقنين علاقة الشركة مع ملاك بعض الاراضي التي تستغلها الشركة بوضع اليد. لم تتأثر حسابات الاصول والاهلاك والالتزامات بنتيجة نقل تكلفة اعباء صومعة ميناء دمياط إلي الشركة من هيئة المجتمعات العمرانية بناء علي موافقة مجلس الوزراء 11/11/98 التي تبلغ تكلفة تمويلها نحو 238 مليون جنيه وتعمل بالانتاج منذ عام 1988. تضمنت الاصول الثابتة طاقات عاطلة غير مستغلة نحو 165.1 مليون جنيه. بلغت الاصناف الراكدة وبطيئة الحركة من قطع الغيار والمهمات نحو 932.7 مليون جنيه مكون عنها مخصص بنحو 250 ألف جنيه مما يتطلب تدعيم المخصص. تم رسملة مصروفات صيانة بنحو 150.1 مليون جنيه علي تكلفة الاصول. كما لم يتم تحميل مصروفات الشركة بقيمة 718.1 مليون جنيه المستحق للشركة القابضة للصناعات الغذائية من رسم صندوق موازنة الأسعار يخص عام 2004/2005 و2005/2006 كذلك 05.4 مليون جنيه مستحقات مصلحة الضرائب. اشار التقرير إلي عدم كفاية المخصص المكون لمقابلة مطالبات مصلحة الضرائب البالغ نحو 40 مليون جنيه والمخصص المكون 8 ملايين جنيه. تضمنت الايرادات نحو 119.1 مليون جنيه زيادة في قيمة العمولة المحصلة من موردي تسويق الاقماح المحلية مقابل نظير الخدمات وايجار الشون تخص عام 2006/2007. أكد ان البيانات المالية الواردة بتقرير مجلس الادارة المعد وفقا لمتطلبات القانون 159 لسنة 1981 ولائحته التنفيذية متفقة مع ما هو وارد بدفاتر الشركة في الحدود التي تثبت بها مثل تلك البيانات بالدفاتر. اكد التقرير انه فيما عدا ذلك وما ورد بالتقرير للشركة والتقارير الدورية فان القوائم المالية مع الايضاحات المتممة تعبر بوضوح في كل جوانبها المهمة عن المركز المالي للشركة في 30/6/2006 وعن نتيجة نشاطها وتدفقاتها النقدية عن السنة المالية.