موقف البابا من التطبيع يظل الموقف الأبرز له طول مشواره الوطني البابا شنودة يظل موقف البابا شنودة من القضية الفلسطينية والتطبيع، هو الموقف الأبرز والأهم في تاريخ البابا الوطني، حيث أصدر قرارا عام 1971، عقب توليه كرسي البابوية، يلزم المسيحيين المصريين بعدم السفر إلى القدس الشريف، للحج، لأن في ذلك تطبيعا مع الكيان الصهيوني، حسب ما قاله البابا، وإن كان موقف قداسة البابا تجاه القدس و قضية فلسطين كان موقفا دينيا بالأساس قبل أن يكون موقفا وطنيا. فعقب إعلان الأزهر عن موقفه الواضح منذ منتصف الستينات بعدم مشروعية المشروع الصهيوني على الأرض العربية الإسلامية، طلب من الكنيسة القبطية أبراز موقفها الديني تجاه المشروع الصهيوني. فتصدى الأنبا شنودة، أسقف التعليم الديني - وقتها - لهذه المهمة، ولبى دعوة السيد حافظ محمود نقيب الصحفيين في ذلك الوقت، وأعلن عن موقف الكنيسة القبطية من رفض الاعتراف بالمشروع الصهيوني في محاضرة تاريخية، صفق لها الحضور لأكثر من نصف ساعة. وهو ما حرص على تأكيده منذ توليه كرسي البابوية منذ عام 1972 في حواره بجريده الأهرام : أن أي رجل دين مسيحي يعترف بمشروعية إسرائيل كمستوطن للصهاينة يجب أن يجرد من رتبته الكنسية، كما حافظ على هذا الموقف تجاه السلطة المصرية عند توقيعها لاتفاقية كامب ديفيد، عندما رفض بشكل واضح الاعتراف بالاتفاقية، فتم دعوته رسميا من قبل الإدارة الأمريكية لمقابلة الرئيس الأمريكي السابق "جيمي كارتر"، فوجه إليه سؤالا مفاده أن اليهود هم شعب الله المختار فلماذا يتم مقاطعتهم ؟ فرد البابا شنودة رده الشهير: "إذا كان اليهود هم شعب الله المختار، فإذا أنا وأنت لسنا من شعبه، مما ترتب عليه احتجازه من قبل السلطات المصرية بدير الأنبا بيشوى في أعقاب اعتقالات سبتمبر الشهيرة". بعد صدور قرار العفو من قبل السلطات المصرية، حرص البابا شنودة على مواجهة المشروع الصهيوني بكافة الأساليب الممكنة مما جعل أحد الأئمة الكبار بلبنان يطلق عليه أحد أكثر الألقاب شهرة و الذي ظل ملتصقا به حتى وفاته : "بابا العرب".